Teses e dissertações – Pós-graduação em Bioinformática

Nível	Trabalho	Data
Doutorado	ANÁLISE COMPARATIVA E FUNCIONAL DE PRÓFAGOS IDENTIFICADOS EM PSEUDOMONAS AERUGINOSA Autoria: Fernando Pacheco Nobre Rossi Orientação: Aline Maria da Silva	23/02/2024
Doutorado	Análise da mutagênese e assinatura mutacional em fibroblastos e tumores de pacientes xeroderma pigmentosum variante Autoria: Camila Corradi Orientação: Carlos Frederico Martins Menck	21/02/2024
Doutorado	Abordagem de auxílio diagnóstico para o Transtorno do Espectro Autista: integração de características semânticas em modelos de atenção visual Autoria: Felipe de Oliveira Franco Orientação: Helena Paula Brentani	26/01/2024
Mestrado	Decodificando a Ubiquitinação na Luta Contra a Malária: Uma Exploração Baseada em Redes de Trios E1-E2-E3 no <i>Plasmodium falciparum</i> Autoria: Lyang Higa Cano Orientação: David Corrêa Martins Junior	13/12/2023
Mestrado	Análise Genômica de Isolados Bacterianos de Cobaias (Cavia porcellus) e Preguiças-de-Garganta-Marrom (Bradypus variegatus) Autoria: Dennis Edgardo Carhuaricra Huaman Orientação: João Carlos Setubal	08/12/2023
Doutorado	Origens e Potencial Funcional de Retrocópias no Genoma de Humanos e Outros Animais: uma abordagem em larga escala de identificação de retrocópias em diversos genomas animais e o estudo do seu padrão de expressão em tecidos normais humanos Autoria: Helena Beatriz da Conceição Orientação: Pedro Alexandre Favoretto Galante	05/12/2023
Mestrado	Um arcabouço para inferência e seleção de modelos dinâmicos de vias de sinalização celular Autoria: Marcelo Batista de Lima Junior Orientação: Marcelo da Silva Reis	04/12/2023
Mestrado	Análises computacionais para identificação de RNAs longos não codificadores com relevância clínica e biológica no adenocarcinoma de pâncreas Autoria: Gabriel Torres Gomes Pato Orientação: Eduardo Moraes Rego Reis	13/11/2023
Doutorado	Recuperação de elementos genéticos móveis e prospecção de genes de resistência a antibióticos em dados metagenômicos de compostagem termofílica. Autoria: Remigio Cenepo Escobar Rodrigues Orientação: Aline Maria da Silva	27/10/2023
Doutorado	Modelagem baseada em agentes (ABM) para estudo dos efeitos da fecundidade e da longevidade na diversidade genética de populações biológicas Autoria: Juan Manuel Vidal Garcia Orientação: Sergio Russo Matioli	25/10/2023
Mestrado	Estudos moleculares e epidemiológios BF1 do HIV-1 em São Paulo obtidos pelo projeto VGDN Autoria: Heitor Moreira Franco Orientação: Paolo Marinho de Andrade Zanotto	10/10/2023
Mestrado	Recuperação e caracterização de genomas de bacteriófagos a partir de metagenomas de compostagem Autoria: Vinicius Sousa Flores Orientação: Aline Maria da Silva	30/08/2023
Doutorado	Discovery of Transcription Start, Transcription Termination and Transcript Processing Sites in Halobacterium salinarum NRC-1 using dRNA-seq Autoria: Amr Galal Abd El-Raheem Ibrahim Orientação: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	28/06/2023
Mestrado	Desenho de sondas oligopaint de cópia única e repetitiva para o estudo de cromossomos neo-sexuais em Drosophila miranda Autoria: Henry Angel Bonilla Bruno Orientação: Maria Dulcetti Vibranovski	27/06/2023
Doutorado	Estudo dos PIWI-interacting RNAs (piRNAs): do desenvolvimento de uma base de dados à análise sistemática da expressão gênica em tecidos normais e tumorais Autoria: Ricardo Piuco Orientação: Pedro Alexandre Favoretto Galante	31/05/2023
Doutorado	A expressão de Epirregulina e o papel dual dos macrófagos pró-inflamátorios no microambiente tumoral de Carcinoma Pulmonar de Células Não Pequenas Autoria: Vinícius Jardim Carvalho Orientação: André Fujita	11/05/2023
Doutorado	Microbiomas de Esponjas do Sistema Recifal Amazônico Autoria: Ana Carolina dos Santos Soares Orientação: João Carlos Setubal	28/04/2023
Doutorado	Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre. Autoria: Raquel Riyuzo de Almeida Franco Orientação: Aline Maria da Silva	16/12/2022
Mestrado	Análise genômica comparativa e evolutiva do genoma do monoxeno Blechomonas sp. TCC303E Autoria: José Franklin Calderón Tantaleán Orientação: João Marcelo Pereira Alves	01/12/2022
Mestrado	COMPARAÇÃO DE VARIANTES RARAS HERDADAS E DE NOVO A PARTIR DE DADOS DO EXOMA DE TRANSTORNO DO ESPECTRO DO AUTISMO E TRANSTORNO DO DÉFICIT DE ATENÇÃO/HIPERATIVIDADE Autoria: Cleiton Figueiredo Osorio da Silva Orientação: Helena Paula Brentani	28/11/2022
Mestrado	Mapeamento e estudo de associação de Variações no Número de Cópias de DNA (CNVs) e de Regiões com Perda de Heterozigozidade (LOH) com Fenótipos Complexos Autoria: Camila Alves de Souza Orientação: Julia Maria Pavan Soler	11/11/2022
Doutorado	Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama Autoria: Jhonatas Sirino Monteiro Orientação: João Carlos Setubal	27/09/2022
Mestrado	Evolução convergente in silico revela princípios morfológicos da locomoção direcionada no solo Autoria: Renata Biaggi Biazzi Orientação: André Fujita	24/08/2022
Mestrado	Avaliação da influência genética no microbioma intestinal de crianças trigêmeas através da análise de dados de sequencias de rRNA 16S. Autoria: Ondina Fonseca de Jesus Palmeira Orientação: João Carlos Setubal	17/05/2022
Mestrado	Perfil de expressão dos circRNAS no câncer Colorretal Autoria: Vanessa Galdeno Freitas Orientação: Pedro Alexandre Favoretto Galante	12/05/2022
Doutorado	Recuperação de MAGs de alta qualidade em dados metagenômicos tempo seriado e desenvolvimento de FixAME: uma ferramenta auxiliar de curadoria de erros de montagem genômica Autoria: Livia Maria Silva Moura Orientação: João Carlos Setubal	14/04/2022
Doutorado	ESTUDOS DE BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL DA PROTEÍNA NÃO ESTRUTURAL 1 DO VÍRUS ZIKA E SUAS INTERAÇÕES MOLECULARES Autoria: Sergio Alejandro Poveda Cuevas Orientação: Fernando Luis Barroso da Silva	09/03/2022
Doutorado	Análise comparativa de genomas de quatro estirpes de Xanthomonas albilineans e prospecção de genes alvo para estudos de associação a fenótipos conhecidos Autoria: Raquel Paulini Miranda Orientação: Marie Anne van Sluys	03/03/2022
Doutorado	Electroencephalographic fingerprints of statistical model selection by the brain Autoria: Fernando Araujo Najman Orientação: Jefferson Antonio Galves	22/02/2022
Mestrado	Comparação de redes de microRNAs placentários de primigestas submetidas a intervenção psicossocial Autoria: Rayssa Maria de Melo Wanderley Feitosa Orientação: Helena Paula Brentani	14/02/2022
Doutorado	Predição em sequências de vírus de procariotos através da aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em dados metagenômicos Autoria: Deyvid Emanuel Amgarten Orientação: João Carlos Setubal	28/01/2022
Mestrado	O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales) Autoria: Natalia Nakamura Gouvea Orientação: João Carlos Setubal	26/01/2022
Mestrado	Pipeline OligoY para desenho de sondas oligopaint do cromossomo Y incluindo sequências repetitivas Autoria: Isabela Pimentel de Almeida Orientação: Maria Dulcetti Vibranovski	26/01/2022
Doutorado	Genes colocalizados: estudo de mútua regulação de biogênese entre genes codificadores e não codificadores Autoria: Felipe Rodolfo Camargo dos Santos Orientação: Pedro Alexandre Favoretto Galante	04/01/2022
Mestrado	Análise de dependência entre posições de bases de sequências motivos de fatores de transcrição aplicada à comparação de modelos baseados em Position Weight Matrix e Gramática Regular Estocástica Autoria: Guilherme Miura Lavezzo Orientação: Ariane Machado Lima	20/12/2021
Doutorado	Desenvolvimento baseado em modelos de serviços adaptadores para ferramentas de bioinformática Autoria: Ricardo Cacheta Waldemarin Orientação: Clever Ricardo Guareis de Farias	24/11/2021
Mestrado	Metodologia para caracterização computacional de genes codificadores de proteínas hipotéticas em Leishmania braziliensis Autoria: Alef Janguas da Costa Orientação: Angela Kaysel Cruz	08/09/2021
Mestrado	MAGset:uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens Autoria: Fábio Beltrame Sanchez Orientação: João Carlos Setubal	02/09/2021
Doutorado	Investigação sistêmica da regulação de transcritos codificadores de transposases pela chaperona SmAP1 em Halobacterium salinarum Autoria: Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti Orientação: Tie Koide	29/07/2021
Mestrado	Meta-análise do efeito da elevada concentração de CO2 atmosférico em espécies neotropicais Autoria: Janaina da Silva Fortirer Orientação: Marcos Silveira Buckeridge	20/07/2021
Doutorado	Integração de Bases de Dados Administrativos com Ferramentas Genômicas Autoria: José Deney Alves de Araújo Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	06/07/2021
Mestrado	Classificação e evolução de SBPs em contexto de transdução de sinal: Interação entre SBPs e Cache Autoria: Aureliano Coelho Proença Guedes Orientação: Robson Francisco de Souza	08/06/2021
Mestrado	Análise e Reconhecimento de Padrões em Feixes Vasculares Vegetais Autoria: Juliana Virginio da Silva Orientação: Luciano da Fontoura Costa	30/03/2021
Doutorado	Simulation of Biochemical Systems Using Constraint-Based Methods and Complex Networks Autoria: Paulo Eduardo Pinto Burke Orientação: Luciano da Fontoura Costa	19/03/2021
Mestrado	Transcriptômica de autismo e deficiências intelectuais: uma abordagem de biologia de sistemas para identificar especificidades e convergências Autoria: Bruna Garbes Gonçalves Pinto Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	19/03/2021
Mestrado	Composição microbiana de inóculo e do composto maduro no processo de compostagem do Zoológico de São Paulo avaliada por meio de metagenômica Autoria: Suzana Eiko Sato Guima Orientação: João Carlos Setubal	19/01/2021
Mestrado	Identificação por phage display de candidatos vacinais para esquistossomose mansônica baseada na auto-cura de macacos rhesus (<i>Macaca mulatta</i>) Autoria: João Vicente de Morais Malvezzi Orientação: Sergio Verjovski de Almeida	09/11/2020
Doutorado	Imunologia do Câncer de Melanoma Cutâneo: Uma Abordagem de Biologia de Sistemas Autoria: Mindy Stephania de Los Angeles Muñoz Miranda Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	28/09/2020
Doutorado	Comparação de redes de regulação genica da placenta em resposta a exposição ao estresse entre sexos Autoria: André Rocha Barbosa Orientação: Helena Paula Brentani	08/09/2020
Mestrado	Análise e reconhecimento da forma tripomastigota de Trypanosoma cruzi para parasitemia automatizada em imagens com baixa densidade de pontos Autoria: Diogo Matos da Silva Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	19/08/2020
Doutorado	Analise integrada de alterações somáticas e transcricionais em tumores de pâncreas Autoria: Diogo Vieira da Silva Pellegrina Orientação: Eduardo Moraes Rego Reis	29/05/2020
Mestrado	Detecção de populações em dados de sequenciamento de RNA de células individuais por meio de módulos de coexpressão Autoria: Tiago Lubiana Alves Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	31/03/2020
Mestrado	Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum Autoria: Lucas Ferreira Maciel Orientação: Sergio Verjovski de Almeida	23/03/2020
Doutorado	Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: caracterização do gene VNG_RS05855 Autoria: Junier Marrero Gutierrez Orientação: Tie Koide	30/10/2019
Doutorado	GTACG: Um arcabouço computacional focado em genômica comparativa de bactérias de um mesmo ramo evolutivo Autoria: Caio Rafael do Nascimento Santiago Orientação: Luciano Antonio Digiampietri	25/10/2019
Mestrado	Genômica comparativa aplicada no estudo da invasividade de Streptococcus pyogenes Autoria: Suzane de Andrade Barboza Orientação: Luciano Antonio Digiampietri	21/10/2019
Mestrado	Genômica comparativa e filogenômica de <i>Xylella fastidiosa</i> Autoria: Guillermo Uceda Campos Orientação: Aline Maria da Silva	27/09/2019
Mestrado	Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação com Pseudomonas aeruginosa Autoria: Fernando Pacheco Nobre Rossi Orientação: Aline Maria da Silva	04/09/2019
Mestrado	Análise Estrutural de Sítios de Fosforilação em Proteína Autoria: Juan Enrique Faya Castillo Orientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	22/08/2019
Doutorado	Classificação Taxonômica de Sequências obtidas com Meta-ômicas por meio de Integração de Dados Autoria: Felipe Prata Lima Orientação: João Carlos Setubal	20/08/2019
Mestrado	Herdabilidade e Estudo de Associação Genômica Ampla (GWAS) de Atividade Física Autorreportada – uma investigação de famílias brasileiras Autoria: Jean Michel Rocha Sampaio Leite Orientação: Julia Maria Pavan Soler	09/08/2019
Mestrado	Análise transcritômica de amostras humanas naturalmente infectadas por Chikungunya Virus Autoria: Natália Baptista Cruz Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	05/08/2019
Doutorado	Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas Autoria: Liliane Santana Oliveira Kashiwabara Orientação: Arthur Gruber	02/08/2019
Mestrado	Análise transcritômica de macacos Rhesus durante infecção por Zika Vírus Autoria: Mariana Araújo Pereira Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	12/07/2019
Doutorado	Rastreando arbovírus em ambientes silvestre e urbano Autoria: Marielton dos Passos Cunha Orientação: Paolo Marinho de Andrade Zanotto	10/07/2019
Doutorado	Mineração de dados de anemia falciforme e priapismo Autoria: Mina Cintho Ozahata Orientação: João Eduardo Ferreira	02/07/2019
Mestrado	Papel do colágeno na síndrome congênita de Zika: uma abordagem de Biologia de Sistemas Autoria: Fábio Baldívia Pohl Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	04/06/2019
Doutorado	Desenvolvimento de uma Ferramenta Computacional para Análise de Co-Expressão Gênica e sua Aplicação na Biologia de Sistemas Autoria: Pedro de Sá Tavares Russo Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	09/05/2019
Mestrado	Análise da Tetramerização da Proteína CD38 por meio de Docking Molecular Autoria: Jadson Carlos dos Santos Orientação: Silvana Giuliatti	08/05/2019
Doutorado	Ordenação evolutiva de genes Autoria: Pedro Ivo Gomes de Faria Orientação: João Carlos Setubal	27/03/2019
Doutorado	Identificação e anotação funcional de novos transcritos com expressão alterada no câncer pancreático Autoria: Omar Julio Sosa Orientação: Eduardo Moraes Rego Reis	27/02/2019
Mestrado	Construção e Aplicação de HMMs de Perfil para a Detecção e Classificação de Vírus Autoria: Miriã Nunes Guimarães Orientação: Arthur Gruber	22/02/2019
Doutorado	Predição de função para TSSaRNAs (transcritos associados a sitios de início de transcrição) em<i> Halobacterium salinarum</i> NRC-1 Autoria: Yagoub Ali Ibrahim Adam Orientação: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	07/02/2019
Mestrado	Usando Biologia de Sistemas para entender a Imunossenescência Autoria: Fernando Marcon Passos Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	13/12/2018
Doutorado	Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com o câncer Autoria: Andrew Maltez Thomas Orientação: João Carlos Setubal	12/12/2018
Doutorado	Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs Autoria: Paula Prieto Oliveira Orientação: Ariane Machado Lima	10/12/2018
Doutorado	Transcriptoma, Sítios de Ligação para Fatores de Transcrição e Região Promotora de cana-de-açúcar Autoria: Mauro de Medeiros Oliveira Orientação: Glaucia Mendes Souza	26/09/2018
Mestrado	Halobacterium salinarum NRC-1: Rede de Regulação Gênica e sua análise probabilística Autoria: Guilherme Martins Crocetti Orientação: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	08/05/2018
Mestrado	Genômica comparativa de tripanossomatídeos portadores de endossimbiontes e sua implicação no genoma de Angomonas ambiguus Autoria: Anderson Carvalho Morais Orientação: João Marcelo Pereira Alves	03/05/2018
Doutorado	Genômica Comparada e a Evolução da Defesa Química em Anfíbios Autoria: Denis Jacob Machado Orientação: Taran Grant	10/04/2018
Mestrado	Métodos de validação tradicional e temporal aplicados à avaliação de classificadores de RNAs codificantes e não codificantes Autoria: Clebiano da Costa Sá Orientação: Ariane Machado Lima	23/03/2018
Doutorado	Redes Neurais Residuais Profundas e Autômatos Celulares como Modelos para Predição que Fornecem Informação Sobre a Formação de Estruturas Secundárias Proteicas. Autoria: José Geraldo de Carvalho Pereira Orientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	15/03/2018
Mestrado	BioNetStat: Uma ferramenta para análise diferencial de redes biológicas Autoria: Vinícius Jardim Carvalho Orientação: Marcos Silveira Buckeridge	08/02/2018
Mestrado	Detecção de<i> Copy Number Variation (CNV)</i> e sua caracterização na população brasileira Autoria: Ana Cláudia Martins Ciconelle Orientação: Julia Maria Pavan Soler	06/02/2018
Doutorado	Systems Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar Autoria: Amanda Rusiska Piovezani Orientação: Marcos Silveira Buckeridge	14/12/2017
Mestrado	Análise Transcricional de RNAs Não Codificadores Longos em Pacientes com Dengue Autoria: Matheus Carvalho Bürger Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	27/11/2017
Mestrado	Análise do transcritoma de Haemophilus influenzae tipo b durante o processo de fermentação em biorreator Autoria: Carlos Eduardo Madureira Trufen Orientação: Anatoli Iambartsev	24/11/2017
Mestrado	Determinação pré-natal não invasiva de paternidade utilizando micro-haplótipos Autoria: Jaqueline Yu Ting Wang Orientação: Helder Takashi Imoto Nakaya	24/11/2017
Doutorado	Arquitetura genética dos genes codificadores de proteínas ligantes de RNA Autoria: Fernando Cipriano de Andrade Oliveira Orientação: André Fujita	22/11/2017
Mestrado	Análise do transcritoma do mexilhão marrom (Perna perna) sob contaminação por antraceno Autoria: Jhonatas Sirino Monteiro Orientação: João Carlos Setubal	30/10/2017
Mestrado	Predição Computacional de Sítios de Ligação de Fatores de Transcrição Baseada em Gramáticas Regulares Estocásticas. Autoria: Antonio Ferrão Neto Orientação: Ariane Machado Lima	27/10/2017
Mestrado	Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes com câncer e seu uso para identificação de marcadores em câncer de pâncreas Autoria: Ester Risério Matos Bertoldi Orientação: Eduardo Moraes Rego Reis	20/10/2017
Doutorado	Estruturas de Redes em Ossos ao longo do desenvolvimento Autoria: Cynthia Martins Villar Couto Orientação: Luciano da Fontoura Costa	09/10/2017
Doutorado	O papel de Transferência Horizontal de Genes na história evolutiva de duas classes de genes em bactérias Autoria: Luiz Thibério Lira Diniz Rangel Orientação: João Carlos Setubal	10/08/2017
Mestrado	"Uso de técnicas de reconhecimento de padrões e genetica para a predição de transtornos psiquiatricos da infância" Autoria: Walkiria Karla Resende Orientação: Helena Paula Brentani	09/08/2017
Doutorado	Identificação e análise<i> in silico</i> de ncRNAs empregando dados de RNA-seq em Leishmania. Autoria: Patrícia de Cássia Ruy Orientação: Angela Kaysel Cruz	08/08/2017
Mestrado	Alinhamento Múltiplo de Genomas de Eucariotos com Montagens Altamente Fragmentadas Autoria: George Willian Condomitti Epamino Orientação: João Carlos Setubal	04/08/2017
Mestrado	Caravela: um navegador para metagenomas Autoria: Gianluca Major Machado da Silva Orientação: João Carlos Setubal	12/06/2017
Doutorado	O transcritoma da retinopatia induzida por oxigênio e uma assinatura gênica prognóstica baseada em angiogênese para predição de recidiva de cancer de mama Autoria: Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa Orientação: João Carlos Setubal	02/06/2017
Doutorado	Um modelo Bayesiano de Meta-Análise para dados de Chip-Seq Autoria: Pablo de Morais Andrade Orientação: Carlos Alberto de Braganca Pereira	17/04/2017
Doutorado	LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local Autoria: Lucas Ferreira da Silva Orientação: Sergio Verjovski de Almeida	11/04/2017
Mestrado	COARSE-GRAINED MODELING OF THE PROTEIN COMPLEXATION PHENOMENA Autoria: Sergio Alejandro Poveda Cuevas Orientação: Fernando Luis Barroso da Silva	10/04/2017
Mestrado	Análise de transcritomas de células de pacientes xeroderma pigmentosum após irradiação com luz UVA e estudo de retrocópias de genes de reparo Autoria: Francisco Ivanio Arruda Alves Orientação: Carlos Frederico Martins Menck	21/02/2017
Doutorado	A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos Autoria: Felipe ten Caten Orientação: Tie Koide	15/02/2017
Mestrado	Estudo por simulação computacional em larga escala da complexação de proteínas do leite Autoria: Lariani Aparecida Delboni Orientação: Fernando Luis Barroso da Silva	24/01/2017
Mestrado	Análise exploratória de genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem em uma coleção de anotações de genomas Autoria: Bruno Ferreira de Souza Orientação: Sergio Verjovski de Almeida	21/12/2016
Doutorado	Análise computacional dos genomas de duas estirpes brasileiras de Bradyrhizobium de importância econômica Autoria: Gesiele Almeida Barros de Carvalho Orientação: Marie Anne van Sluys	09/12/2016
Mestrado	Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoológico de São Paulo Autoria: Deyvid Emanuel Amgarten Orientação: João Carlos Setubal	18/11/2016
Mestrado	Análise do Metaboloma da Cana-de-Açúcar ao Longo do Ciclo de Maturação da Planta Autoria: Davi Toshio Inada Orientação: Glaucia Mendes Souza	17/11/2016
Mestrado	Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes Autoria: Juan Manuel Vidal Garcia Orientação: André Fujita	13/10/2016
Doutorado	Origem de genes recentes, uma abordagem com PSSMs deterioradas e arquiteturas de domínio proteico Autoria: Diego Trindade de Souza Orientação: Sergio Russo Matioli	06/10/2016
Doutorado	Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços web semânticos para a análise de expressão gênica Autoria: Gabriela Der Agopian Guardia Orientação: Clever Ricardo Guareis de Farias	12/08/2016
Mestrado	Uma Arquitetura de Question-Answering Instanciada no Domínio de Doenças Crônicas Autoria: Luciana Farina Almansa Orientação: Alessandra Alaniz Macedo	08/08/2016
Mestrado	Análise global da expressão de RNAs não codificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse Autoria: Diogo Vieira da Silva Pellegrina Orientação: Eduardo Moraes Rego Reis	28/07/2016
Doutorado	Bioinformática aplicada à biologia sistêmica para a identificação dos fatores regulatórios do acúmulo de sacarose no colmo da cana-de-açúcar Autoria: Fabrício Edgar de Moraes Orientação: Carlos Alberto Labate	15/07/2016
Mestrado	Desenvolvimento de um pipeline para anáise genômica de metilação do DNA Autoria: Henrique Cursino Vieira Orientação: Helena Paula Brentani	25/05/2016
Doutorado	Integração de dados na inferência de redes de genes: avaliação de informações biológicas e características topológicas Autoria: Fábio Fernandes da Rocha Vicente Orientação: Fabricio Martins Lopes	02/05/2016
Doutorado	Identificação <i>in silico </i>de ncRNAs no organismo modelo <i>Halobacterium salinarum</i> NRC-1 Autoria: Marcos Abraão de Souza Fonseca Orientação: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	25/04/2016
Mestrado	Caracterização de sítios conformacionais de fosforilação em proteínas Autoria: Felipe Augusto Nunes Ferraz Orientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	25/04/2016
Doutorado	Caracterização e modelagem da atividade eletrofisiológica em pacientes com epilepsia Autoria: Abner Cardoso Rodrigues Neto Orientação: Koichi Sameshima	20/04/2016
Mestrado	Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria Burkholderia sacchari Autoria: Paulo Moisés Raduan Alexandrino Orientação: André Fujita	15/04/2016
Doutorado	Desenvolvimento de um modelo biofísico para a descrição do processo de reparo de quebra-dupla em DNA Autoria: Aymara Martínez Aragón Orientação: Joao Dias de Toledo Arruda Neto	29/03/2016
Mestrado	Processamento, extração de características e análise morfométrica automatizada de fibras mielínicas Autoria: Rômulo Bourget Novas Orientação: Joaquim Cezar Felipe	18/03/2016
Mestrado	Ferramenta computacional para análise integrada de dados clínicos e biomoleculares Autoria: Yuri Ferretti Orientação: Joaquim Cezar Felipe	11/12/2015
Mestrado	Implementação de abordagens computacionais para identificação de RNAs longos não codificadores envolvidos na diferenciação neural Autoria: Gabriel Francisco Zaniboni Orientação: Eduardo Moraes Rego Reis	03/12/2015
Doutorado	Algoritmos evolutivos aplicados na investigação da adaptabilidade do código genético Autoria: Lariza Laura de Oliveira Orientação: Renato Tinós	30/11/2015
Doutorado	Implementação de uma abordagem híbrida utilizando modelagem comparativa e<i> ab initio</i> para predição de estruturas tridimensionais de proteínas contendo múltiplos domínios com conectores flexíveis Autoria: Rodrigo Vargas Honorato Orientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	17/11/2015
Doutorado	Análise de componentes esparsos locais com aplicações em ressonância magnética funcional Autoria: Gilson Vieira Orientação: Luíz Antonio Baccala	13/10/2015
Mestrado	Busca de variantes em sequência de DNA proveniente de pacientes com deficiência em processos de reparo do genoma Autoria: Livia Maria Silva Moura Orientação: Carlos Frederico Martins Menck	08/10/2015
Mestrado	Caracterização da estrutura e dinâmica das redes funcionais neurais durante um processo de indução anestésica Autoria: Eduardo Cocca Padovani Orientação: André Fujita	06/10/2015
Mestrado	Reconstrução e análise de genomas de bactérias de compostagem a partir de dados metagenômicos Autoria: Leandro Nascimento Lemos Orientação: João Carlos Setubal	23/09/2015
Mestrado	Suporte ao desenvolvimento e à integração de ontologias no domínio biomédico Autoria: Ricardo Cacheta Waldemarin Orientação: Clever Ricardo Guareis de Farias	21/09/2015
Mestrado	Exploração de espaços de parâmetros de modelos biológicos sob diferentes paradigmas estatisticos Autoria: Andre Chalom Machado de Oliveira Orientação: Paulo Inácio de Knegt López de Prado	02/09/2015
Doutorado	Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas Autoria: Deibs Barbosa Orientação: João Carlos Setubal	21/08/2015
Mestrado	Modelagem computacional de famílias de proteínas microbianas relevantes para produção de bioenergia Autoria: Fernanda Orpinelli Ramos do Rego Orientação: João Carlos Setubal	17/08/2015
Doutorado	Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade Autoria: Leandro de Araujo Lima Orientação: Helena Paula Brentani	22/07/2015
Doutorado	Uma abordagem de integração de dados de redes PPI e expressão gência para priorizar genes relacionados a doenças complexas Autoria: Sérgio Nery Simões Orientação: Ronaldo Fumio Hashimoto	30/06/2015
Doutorado	Desenvolvimento da plataforma CaneRegNet para anotação funcional e análises do transcriptoma da cana-de-açúcar Autoria: Milton Yutaka Nishiyama Junior Orientação: Glaucia Mendes Souza	13/04/2015
Mestrado	Utilização de informações termodinâmicas e estruturais na predição de sítios de ligação de receptores nucleares ao DNA: uma abordagem computacional Autoria: Ana Claudia Mancusi Valeije Orientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	04/02/2015
Doutorado	Caracterização de processos evolutivos de vírus de RNA a partir de padrões deixados nas filogenias virais Autoria: Caio César de Melo Freire Orientação: Paolo Marinho de Andrade Zanotto	05/12/2014
Mestrado	Análise gênica de comorbidades a partir da integração de dados epidemiológicos Autoria: Karla Ferraz Néto Orientação: Evandro Eduardo Seron Ruiz	01/12/2014
Mestrado	Infraestrutura computacional para avaliação de similaridade funcional composta entre microRNAs baseada em ontologias Autoria: Mariana Yuri Sasazaki Orientação: Joaquim Cezar Felipe	19/08/2014
Mestrado	Framework para classificação das mutações de vírus HIV Autoria: Mina Cintho Ozahata Orientação: João Eduardo Ferreira	15/05/2014
Doutorado	Metodologia para integração de dados genômicos, transcriptômicos e epigenéticos de câncer de pênis Autoria: Fabio Albuquerque Marchi Orientação: Silvia Regina Rogatto	14/04/2014
Doutorado	Explorando a complexidade do transcriptoma humano Autoria: José Eduardo Kroll Orientação: Sandro José de Souza	12/12/2013
Doutorado	Troost – Busca de interações entre trios de SNPs em estudos de associação de genoma inteiro Autoria: José Osório de Oliveira Azevedo Neto Orientação: Sergio Russo Matioli	07/11/2013
Mestrado	Sifter-T: Um framework escalável para anotação filogenômica probabilística funcional de domínios protéicos Autoria: Danillo Cunha de Almeida e Silva Orientação: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	25/10/2013
Mestrado	Busca guiada de patentes de Bioinformática Autoria: Marcio Branquinho Dutra Orientação: Alessandra Alaniz Macedo	17/10/2013
Mestrado	Um filtro iterativo utilizando árvores de decisão Autoria: Oscar Picchi Netto Orientação: José Augusto Baranauskas	24/09/2013
Mestrado	SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs Autoria: Amanda Rusiska Piovezani Orientação: Ariane Machado Lima	12/09/2013
Mestrado	Uma adaptação do método <i>Binary Relevance</i> utilizando árvores de decisão para problemas de classificação multirrótulo aplicado à genômica funcional Autoria: Erica Akemi Tanaka Orientação: José Augusto Baranauskas	30/08/2013
Mestrado	Uma abordagem para a construção de uma única árvore a partir de uma <i>Random Forest</i> para classificação de bases de expressão gênica Autoria: Thais Mayumi Oshiro Orientação: José Augusto Baranauskas	27/08/2013
Doutorado	Caracterização <i>in silico</i> e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos Autoria: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho Orientação: Sergio Verjovski de Almeida	13/08/2013
Mestrado	Análise<i> in silico</i> de regiões promotoras de genes de <i>Xylella fastidiosa</i> Autoria: Fernando Domingues Kümmel Tria Orientação: Aline Maria da Silva	24/06/2013
Mestrado	Método de apoio à pesquisa e ao diagnóstico clínico na identificação de acometimento em diferentes tipos de fibras musculares por meio de imagens histopatológicas Autoria: Marlon Polo de Melo Orientação: Joaquim Cezar Felipe	17/06/2013
Mestrado	Genômica translacional: integrando dados clínicos e biomoleculares Autoria: Newton Shydeo Brandão Miyoshi Orientação: Joaquim Cezar Felipe	06/02/2013
Doutorado	Estudo da poliadenilação alternativa: efeito dos polimorfismos nos elementos em <i>cis </i>no RNA e de transcritos em antissenso Autoria: Suzana Andreoli Marques Ezquina Orientação: Sandro José de Souza	25/10/2012
Mestrado	Dinâmica da fermentação alcóolica: aplicação de redes booleanas na dinâmica de expressão gênica em linhagens de <i>Saccharomyces Cerevisiae</i> durante o processo fermentativo Autoria: Melline Fontes Noronha Orientação: Ronaldo Fumio Hashimoto	17/10/2012
Mestrado	Inovações em técnicas de alinhamentos múltiplos e predições de genes Autoria: Vitor Ferreira Onuchic Orientação: Alan Mitchell Durham	05/10/2012
Mestrado	Função de avaliação dinâmica em algoritmos genéticos aplicados na predição de estruturas tridimensionais de proteínas Autoria: Luís Henrique Uchida Ishivatari Orientação: Renato Tinós	28/09/2012
Mestrado	Auto-organização da população em sistemas imunológicos artificiais aplicada ao <i>docking</i> de proteínas Autoria: Helder Ken Shimo Orientação: Renato Tinós	17/07/2012
Mestrado	Análise comparativa de proteínas relacionadas ao sistema fotossintético em cana-de-açúcar Autoria: Felipe Fedel Silva Orientação: Helaine Carrer	11/06/2012
Mestrado	Método para auxiliar a interpretação de clusters de expressão gênica considerando sumarização automática Autoria: Daniane Silva de Paula Orientação: Alessandra Alaniz Macedo	29/05/2012
Doutorado	Descrição da proveniência de dados para extração de conhecimento em sistemas de informação de hemoterapia Autoria: Fernanda Nascimento Almeida Orientação: Ester Cerdeira Sabino	23/05/2012
Mestrado	Uma abordagem para a indução de árvores de decisão voltada para dados de expressão gênica Autoria: Pedro Santoro Perez Orientação: José Augusto Baranauskas	18/04/2012
Doutorado	Bioinformática aplicada em RNomics: estratégias computacionais para caracterização de RNAs não-codificadores Autoria: Alexandre Rossi Paschoal Orientação: Alan Mitchell Durham	13/04/2012
Mestrado	Uso de mapeamento conceitual para redução da descontinuidade semântica na recuperação de imagens microscópicas de carcinoma tireoidiano Autoria: Hugo César Pessotti Orientação: Alessandra Alaniz Macedo	13/04/2012
Mestrado	Análise computacional do genoma e transcritoma de <i>Plasmodium vivax</i>: contribuições da bioinformática para o estudo da malária Autoria: Bruna Renata Silva Corrêa Orientação: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	02/04/2012
Mestrado	Representação paramétrica de famílias de redes booleanas que produzem ondas de propagação Autoria: Ubiratan Augusto Lima Orientação: Junior Barrera	06/03/2012
Mestrado	Uma abordagem baseada em ontologias e conectores para a integração semântica de ferramentas de análise de expressão gênica Autoria: Flavia Akemi Miyazaki Orientação: Clever Ricardo Guareis de Farias	15/12/2011
Mestrado	Auxílio na prevenção de doenças crônicas por meio de mapeamento e relacionamento conceitual de informações em biomedicina Autoria: Juliana Tarossi Pollettini Orientação: Alessandra Alaniz Macedo	28/11/2011
Mestrado	Método para processamento e análise computacional de imagens histopatológicas visando apoiar o diagnóstico de câncer de colo de útero Autoria: Gisele Helena Barboni Miranda Orientação: Joaquim Cezar Felipe	24/11/2011
Mestrado	Modelagem matemática-computacional da conectividade cerebral em ressonância magnética funcional para o estudo do estado de repouso Autoria: Gilson Vieira Orientação: Luíz Antonio Baccala	08/07/2011
Mestrado	Desenvolvimento de um algoritmo para identificação e caracterização de cavidades em regiões específicas de estruturas tridimensionais de proteínas Autoria: Saulo Henrique Pires de Oliveira Orientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	25/05/2011
Mestrado	Uso de estratégias baseadas em conhecimento para algoritmos genéticos aplicados à predição de estruturas tridimensionais de proteínas Autoria: Lariza Laura de Oliveira Orientação: Renato Tinós	20/05/2011
Mestrado	Canalização: fenótipos robustos como consequência de características da rede de regulação gênica Autoria: Vitor Hugo Louzada Patricio Orientação: Ronaldo Fumio Hashimoto	20/04/2011
Doutorado	Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações Autoria: Fabricio Martins Lopes Orientação: Roberto Marcondes Cesar Junior	21/02/2011
Doutorado	Seleção natural no vírus da hepatite C: influência do sistema imune na resposta ao tratamento Autoria: Artur Trancoso Lopo de Queiroz Orientação: Sergio Russo Matioli	03/11/2010
Mestrado	Medidas de dependência entre séries temporais: estudo comparativo, análise estatística e aplicações em neurociências Autoria: Carlos Stein Naves de Brito Orientação: Koichi Sameshima	29/07/2010
Doutorado	Aplicação de métodos estatísticos e computacionais para o estudo da cis-regulação da expressão gênica Autoria: Marcio Augusto Afonso de Almeida Orientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	16/04/2010
Doutorado	Identificação de transferência gênica horizontal em procariotos, estudo do regulon SOS de <i>Caulobacter crescentus</i> e análise estatística de colocalização de posições genômicas Autoria: Apuã César de Miranda Paquola Orientação: Carlos Frederico Martins Menck	11/02/2010
Doutorado	Abordagem algébrica para seleção de clones ótimos em projetos genomas e metagenomas Autoria: Mauricio Egidio Cantão Orientação: Eliana Gertrudes Macedo Lemos	01/12/2009
Doutorado	Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos Autoria: Ana Carolina Quirino Simões Orientação: Aline Maria da Silva	12/05/2009
Doutorado	Técnicas para análise do crescimento e movimento das células neurais Autoria: Leandro Carrijo Cintra Orientação: Luciano da Fontoura Costa	06/05/2009
Doutorado	Medidas de fluxo de informação com aplicação em neurociência Autoria: Daniel Yasumasa Takahashi Orientação: Koichi Sameshima	15/01/2009
Doutorado	Análise da via de regulação gênica por ácido retinóico: uma abordagem por bioinformática e biologia estrutural Autoria: Tiago José Paschoal Sobreira Orientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	11/12/2008
Doutorado	Identificação<i> in-silico </i>de genes humanos submetidos à expressão alélica diferencial Autoria: Jorge Estefano Santana de Souza Orientação: Sandro José de Souza	02/12/2008
Doutorado	Morfometria computacional de frangos de corte submetidos a duas dietas distintas: suplementação mineral quelada versus suplementação mineral tradicional Autoria: Rafael Carvalho de Oliveira Orientação: Marcelo Emílio Beletti	25/09/2008
Doutorado	Métodos estatísticos para a análise de bibliotecas digitais de expressão gênica Autoria: Leonardo Varuzza Orientação: Carlos Alberto de Braganca Pereira	03/09/2008
Doutorado	Sistema colaborativo para armazenamento e análise de dados de HIV Autoria: Luciano Vieira de Araújo Orientação: João Eduardo Ferreira	13/05/2008
Doutorado	Modelos discretos para sistemas de sinalização celular baseados no contato célula-célula Autoria: Luiz Carlos da Silva Rozante Orientação: Marco Dimas Gubitoso	25/04/2008
Doutorado	Representação de sistemas biológicos a partir de sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno Autoria: Marcelo Ris Orientação: Junior Barrera	14/04/2008
Doutorado	Análise computacional da expressão gênica no parasita protostomado Schistosoma mansoni. Autoria: Thiago Motta Venancio Orientação: Sergio Verjovski de Almeida	14/02/2008
Doutorado	Métodos computacionais para a caracterização e análise da relação entre anatomia e expressão gênica em sistemas biológicos. Autoria: Bruno Augusto Nassif Travençolo Orientação: Luciano da Fontoura Costa	20/12/2007
Doutorado	Bioinformática estrutural de proteínas modificadas por eventos de splicing alternativo Autoria: Elza Helena Andrade Barbosa Durham Orientação: Sandro José de Souza	10/12/2007
Doutorado	Seleção de modelos através de um teste de hipótese genuinamente Bayesiano: misturas de normais multivariadas e hipóteses separadas Autoria: Marcelo de Souza Lauretto Orientação: Julio Michael Stern	03/10/2007
Doutorado	"Seleção de modelos através de um teste de hipótese genuinamente Bayesiano: misturas de normais multivariadas e hipóteses separadas" Autoria: Marcelo de Souza Lauretto Orientação: Julio Michael Stern	03/10/2007
Doutorado	"Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias" Autoria: André Fujita Orientação: Carlos Eduardo Ferreira	10/08/2007
Doutorado	Modelagem do controle gênico do ciclo celular por redes genéticas probabilísticas Autoria: Nestor Walter Trepode Orientação: Junior Barrera	27/06/2007
Doutorado	"Fatores moleculares da determinação do sexo e casta e evolução de famílias multigênicas na abelha eusocial Apis mellifera" Autoria: Alexandre dos Santos Cristino Orientação: Zila Luz Paulino Simoes	30/05/2007
Doutorado	Implicações funcionais de eventos de splicing alternativo no proteoma humano Autoria: Fabio Passetti Orientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	16/05/2007
Doutorado	Métodos estatísticos para a análise de dados de cDNA microarray em um ambiente computacional integrado Autoria: Gustavo Henrique Esteves Orientação: Eduardo Jordao Neves	23/03/2007
Doutorado	Cadeias estocásticas parcimoniosas com aplicações à classificação e filogenia das seqüências de proteínas Autoria: Florencia Graciela Leonardi Orientação: Jefferson Antonio Galves	19/01/2007
Doutorado	Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria Autoria: Cesar Armando Beltran Castañon Orientação: Arthur Gruber	16/01/2007
Doutorado	Predição de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente RNA da telomerase Autoria: Ariane Machado Lima Orientação: Alan Mitchell Durham	20/12/2006
Doutorado	Um novo modelo para cálculo de probabilidade de paternidade – concepção e implementação Autoria: Fábio Nakano Orientação: Carlos Alberto de Braganca Pereira	09/11/2006
Doutorado	Análise estatística na interpretação de imagens: microarranjos de DNA e ressonância magnética funcional Autoria: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio Orientação: Carlos Alberto de Braganca Pereira	01/09/2006

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