IME-USP

Áreas de pesquisa – Pós-graduação em Bioinformática

OrientadorÁrea de pesquisa
Alan Mitchell DurhamDesenvolvimento de Compiladores, Bioinformática, Implementação de Linguagens de Programação, Engenharia de Software, Computação Móvel
Alessandra Alaniz MacedoExtração de Informação, Informática Biomédica, Computação ubíqua
Aline Maria da SilvaRegulação e Função de serina/treonina proteínas, fosfatases em microorganismos, Mecanismos de patogenicidade de Xylella fastidiosa.
Anatoly YambartsevModelagem de redes em Systems Biology
André FujitaBioinformática, Microarrays, Redes Regulatórias
Angela Kaysel CruzProjeto genoma de Leishmania; aspectos estruturais da organização do genoma; construção de mapas físicos, análises de bibliotecas de cDNA.
Ariane Machado LimaBioinformática; Identificação computacional de RNAs não codificantes; Linguagens formais;
Arthur GruberBiologia Molecular de Microorganismos, Biologia molecular de coccídias, Desenvolvimento de aplicativos de Bioinformática.
Carlos Alberto de Braganca PereiraInferência Bayesiana em Engenharia, Inferência Bayesiana
Carlos Alberto LabateTransformação genética de Eucalipto, Bioinformática aplicada à genômica e proteômica, Genômica Funcional e Proteômica com ênfase na regulação da expressão gênica, formação da madeira, resistência à ferrugem e resistência ao estresse hídrico em plantas de eucalipto.
Carlos Frederico Martins MenckEstudos de Reparo de DNA e suas consequências Biológicas
Clever Ricardo Guareis de FariasMétodos de análise e projeto de software baseados em componentes, Desenvolvimento de sistemas groupware baseado em componentes, Projeto e desenvolvimento de sistemas distribuídos, Modelagem Conceitual, Desenvolvimento Baseado em Modelos de Sistemas Sensíveis ao Contexto.
Eduardo Moraes Rego ReisAnálise integrada de dados genômicos de tumores humanos.
Fabricio Martins LopesBioinformática, Reconhecimento de Padrões, Visão Computacional.
Fernando Luis Barroso da SilvaModelagem Molecular, Bioinformática Estrutural, Interações fundamentais em Biofísica Molecular.
Glaucia Mendes SouzaTransdução de sinal da transição, crescimento/desenvolvimento, Transdução de Sinal da Cana-de-açúcar (SUCAST), Transcriptoma da Cana-de-açúcar.
Helaine CarrerBiotecnologia e Biologia Molecular de Organelas, Biologia Molecular da Interação Planta-microrganismo, Genômica e Bioinformática.
Helder Takashi Imoto NakayaBiologia de Sistemas de RNAs Não Codificadores Longos, Imunologia de Sistemas
Helena Paula BrentaniExpressão Gênica, genomica, Microarray, Bioinformática, Câncer, Psiquiatria, diagnostico precoce de transtornos do neurodesenvolvimento
João Carlos SetubalDesenvolvimento de novas ferramentas de bioinformática (indicado para alunos com formação em computação ou com boa experiência em programação) e análises computacionais de dados biológicos, geralmente de genômica ou transcritômica (indicado para alunos com formação em biociências)
João Eduardo FerreiraBanco de dados, Banco de dados para extração de conhecimento, Integração de Sistemas de Informação, Modelagem de banco de dados.
João Marcelo Pereira AlvesFilogenia (tradicional e filogenômica, Evolução de genomas, Bioinformática, Metagenômica humana, Transcriptômica de eucariontes unicelulares e bactérias por sequenciamento de segunda geração, Genômica de eucariontes unicelulares e bactérias.
Julia Maria Pavan SolerMapeamento Genético de Doenças Complexas, Mapeamento Genético de fatores de risco cardiovascular, Aplicação e desenvolvimento de Métodos Estatísticos na Análise de Dados Genéticos e Genômicos
Junior BarreraAplicações da Morfologia Matemática em Análise de Imagens, Desenvolvimento de sistemas computacionais para análise de imagens, Pesquisa teórica em Morfologia Matemática, Identificação de redes de regulação gênica, Aplicação de projeto de operadores morfológicos a problemas reais de análise de imagens, Modelagem de sistemas multiagentes, Pesquisa teórica sobre o projeto de operadores morfológicos por aprendizado computacional.
Kelly Rosa BraghettoBanco de dados, Sistemas distribuídos, Bioinformática
Koichi SameshimaEstudo dos mecanismos de processamento temporal de informação nos sistemas sensoriais: abordagens eletrofisiológica, psicofísica e computacional, Abordagens psicofísicas e neuropsicológicas aplicadas no estudo dos sistemas sensoriais e na avalliação de cognitiva em humanos, Neuroimagem funcional.
Luciano Antonio DigiampietriWeb 2.0 e Web Semântica, Uso de Jogos na Educação, Gerenciamento de Processos de Negócio / Workflows Científicos, Otimização em Bancos de Dados, Montagem e Anotação de Genomas, Análise de Redes Sociais e Cientometria.
Luciano da Fontoura CostaProcessamento e Análise de Imagens, Modelagem e Simulação de Sistemas Neuronais, Bioinformática, Biologia Computacional.
Luiz Antonio BaccalaEqualização Cega de Canais, Causalidade entre Séries Temporais Muiltivariadas, Conectividade Neural.
Marcos Silveira BuckeridgeEstrutura e metabolismo da parede celular vegetal, Respostas de Plantas às Mudanças Climáticas Global, Ecofisiologia de Plantas Nativas, Bioquímica e Biotecnologia de Carboidratos de Plantas.
Odemir Martinez BrunoVisão Computacional, Computação Paralela, Análise e processamento de imagens, Visão Artificial, Reconhecimento de padrões.
Paolo Marinho de Andrade ZanottoBiologia Molecular de Baculovirus, Cultura de Tecidos de Insetos, Sequenciamento de DNA viral em grande escala, Virologia Molecular, Estudos de expressão gênica viral por realtime PCR e RLM-RACE, clonagem de DNA, Cultivo celular para replicação viral, Detecção viral por PCR.
Paulo Inácio de Knegt López de PradoEcologia de interação insetos-plantas, Ecologia de comunidades, Diagnóstico de biodiversidade, Pesquisa ambiental interdisciplinar, Análises multivariadas de dados ambientais, Biodiversidade e conservação, Ecologia de comunidades, Teoria e quantificação da diversidade biológica, Interação entre insetos e plantas, Ecologia e sociedades humanas, Ecologia Teórica.
Paulo Sérgio Lopes de OliveiraDesenvolvimento de ferramentas computacionais para análise de genomas, Modelagem de bases de dados de transcriptomas, Abordagem computacional de problemas genéticos associados ao sistema cardiovascular, Análise de expressão gênica, Análise de regulação gênica usando modelagem molecular por homologia e dinâmica molecular, Splicing alternativo e função protéica: Uma bordagem através de estruturas de proteínas, Análise funcional de mutações através de abordagem computacional de estruturas protéicas, Seleção de marcadores genéticos de interesse comercial em bovinos.
Pedro Alexandre Favoretto GalanteBioinformatica, Biologia Molecular, Genética Humana e Médica, Genética Molecular e de Microorganismos.
Ricardo Zorzetto Nicoliello VencioProbabilidade e Estatística Aplicadas, Biologia Computacional, Bioinformática, Análise de Dados.
Roberto Marcondes Cesar JuniorReconhecimento de padrões, Modelagem por redes, Visão Computacional, Análise de imagens, Bioinformática.
Ronaldo Fumio HashimotoProcessamento de Imagens, Reconhecimento de Padrões, Morfologia Matemática, Bioinformática, Redes Booleanas Probabilísticas, Redes Booleanas.
Sergio Russo MatioliGenética evolutiva, Genética quantitativa
Sergio Verjovski-AlmeidaExpressão gênica diferencial em câncer, Expressão gênica em larga escala em Schistosoma mansoni – efeito de hormônios.
Taran GrantSistemática de anfíbios, Inferência filogenética, Herpetologia neotropical.
Tie KoideBiologia Sistêmica de microorganismos. O Laboratório de Biologia Sistêmica de Microorganismos (LaBiSisMi) tem como *missão* contribuir para a compreensão de microorganismos, entendidos como um sistema dinâmico integrado, buscando modelos quantitativos multi-escala para entender seu comportamento, guiados pela Biologia Molecular Experimental em sinergia com a Matemática/Computação. Atualmente, trabalhamos com o estudo de uma archaea extremófila e a influência de RNAs não-codificantes na regulação gênica global.