O Programa de Pós-Doutorado é desenvolvido sob a responsabilidade de um professor doutor credenciado como orientador do Programa de Pós-Graduação do IME-USP, de acordo com os regulamentos da Universidade de São Paulo. Espera-se dos pós-doutorandos a participação em pesquisas dos Departamentos de Ciência da Computação, Estatística, Matemática ou Matemática Aplicada. Os resultados dos estudos são apresentados em seminários, congressos, livros e principalmente em periódicos científicos.