Os times que representam a USP na Maratona de Programação são escolhidos por meio de uma seletiva interna, organizada pelos próprios alunos do grupo que não vão participar da prova oficial.
A primeira aplicação da seletiva interna ocorreu em 1997 e, desde então, é realizada anualmente. Nos anos 2020 e 2021, a Maratona de Programação foi realizada online com inscrição gratuita, o que dispensou a realização da seletiva.
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