Livro principal
Nossa referência básica é conhecida como o CLRS: T.H. Cormen, C.E. Leiserson, R.L. Rivest, C. Stein, Introduction to Algorithms, 2nd. edition, MIT Press e McGraw-Hill, 2001. Há edição em português (Algoritmos - Teoria e Prática, Campus, 2002). A qualidade da tradução não é das melhores ("loop invariante" e outras bobagens). A biblioteca só tem a primeira edição do livro (em inglês), que ficou conhecida como CLR: T.H. Cormen, C.E. Leiserson, R.L. Rivest, Introduction to Algorithms, MIT Press & McGraw-Hill, 1992. Fiz um resumo da correspondência entre as numerações de capítulos e seções no CLR e CLRS.
Outros livros
Alfred V. Aho, Jeffrey D. Ullman,   Foundations of Computer Science (C edition),  Computer Science Press, 1995. Vamos nos referir ao livro como o AU.  Ele contém os alicerces da ciência da computação que todo bacharel da área deveria conhecer. Segundo Ian Parberry, "This textbook is redefining the undergraduate computer science curriculum at many leading institutions. It is a good place to go to brush up on your discrete mathematics, data structures, and problem solving skills."   O livro é excelente, mas tende a explicar demais as coisas. Tem muitos "boxes" com comentários interessantes à margem do texto. O capítulo "The Running Time of Programs", que trata de notação O, é ótimo, apesar de algumas escorregadas no uso da notação. Já o tratamento da indução matemática nas seções 2.3 e 2.4 é capenga. Udi Manber,   Introduction to Algorithms: A Creative Approach,  Addison-Wesley, 1989. Ian Parberry,   Problems on Algorithms,  Prentice Hall, 1995. Um pequeno livro só de exercícios. Há uma versão digital do livro. G. Brassard e P. Bratley,   Fundamentals of Algorithmics,  Prentice Hall, 1996. Steven Skiena,  The Algorithm Design Manual,  Telos/Springer-Verlag, 1998. O livro é acompanhado por um CD-ROM.  Não ensina a resolver problemas mas dá dicas práticas sobre onde procurar soluções. Veja o Repositório WWW de Algoritmos associado ao livro.  Veja também o Hypertext edition of the Algorithm Design Manual. Herbert S. Wilf,   Algorithms and Complexity,  arquivo pdf, 1994. Robert Sedgewick,   Algorithms in C,  3rd. edition, vol. 1,  Addison Wesley Longman, 1998. Mais algoritmos que análise. D.E. Knuth,   The Art of Computer Programming: Sorting and Searching,  Addison-Wesley, 1973. O clássico dos clássicos.