====== Tópicos especiais de Estatística: Análise de dados longitudinais (MAE0610) ====== **Julio da Motta Singer**\\ 2o semestre 2019\\ Aulas: segundas-feiras, 16:00h a 17:40h e quartas-feiras, 14:00h a 15:40h\\ Sala B-138\\ Monitor: Tuany de Paula Castro * **Programa** - Noções básicas - Exemplos - Análise descritiva - Modelos clássicos para dados gaussianos * Estudos do tipo pré-teste/pós-teste * Análise de perfis * Análise de curvas de crescimento * Modelos marginais * Modelagem para a estrutura de covariância * Ajuste por máxima verossimilhança * Modelos de efeitos aleatórios * Previsão dos efeitos aleatórios (BLUP) * Diagnóstico - Modelos para dados não-gaussianos * Modelos lineares generalizados para dados longitudinais * Modelos para dados categorizados * Modelos não-paramétricos para análise de perfis - Outros enfoques para análise de dados longitudinais - Tópicos especiais * Dados omissos * Planejamento e tamanho de amostras * Modelos não-lineares - Análise de exemplos * **Bibliografia básica** - Brunner, E., Domhof, S. and Langer, F. (2000). Nonparametric analysis of ordered categorical data in designs with longitudinal observations and small sample sizes. **Biometrical Journal, 42**, 663-675. \\ doi: 10.1002/1521-4036(200010)42:6<663::AID-BIMJ663>3.0.CO;2-7 - Brunner, E., Domhof, S. and Langer, F. (2002). **Nonparametric Analysis of Longitudinal Data in Factorial Experiments**. New York: Wiley. - Crowder, M.J. and Hand, J. (1990). **Analysis of Repeated Measures**. London: Chapman and Hall - Davidian, M. and Giltinian, D.M. (1995). **Nonliner Models for Repeated Measurement Data**. London: Chapman and Hall - Davis, C.S. (2002). **Statistical Methods for the Analysis of Repeated Measures**. New York: Springer. - Demidenko, E. (2013). **Mixed Models: Theory and Applications with R, 2nd edition**. New York: Wiley. ISBN: 978-1-118-09157-9 - Diggle, P.J., Heagerty, P., Liang, K.Y. and Zeger, S.L. (2002). **Analysis of Longitudinal Data, 2nd edition**. Oxford: Oxford University Press - Fitzmaurice, G.M., Laird, N.M. and Ware, J.H. (2011). **Applied Longitudinal Analysis, 2nd ed**. New York: Wiley. - Goldstein, H. (1979). **The Design and Analysis of Longitudinal Studies**. New York: Academic Press - Jiang, J. (2007). **Linear and Generalized Linear Mixed Models and their Applications**. New York: Springer. - Jones, R.H. (1993). **Longitudinal Data with Serial Correlation: a State-Space Approach**. London: Chapman and Hall. - Lindsey, J.K. (1993). **Models for Repeated Measurements**. Oxford: Oxford University Press. - Molenberghs, G. and Verbeke, G. (2005). **Models for Discrete Longitudinal Data**. New York: Springer. - Munzel, U. and Langer, F. (2004). A global view on parametric and nonparametric approaches to the analysis of ordered categorical data. **Biometrical Journal, 46**, 7-18. \\ doi:10.1002/bimj.200210001 - Nobre, J.S. and Singer, J.M. (2007). Residual analysis for linear mixed models. **Biometrical Journal, 49**, 863-875. \\ doi:10.1002/bimj.2006.10.341 - Nobre, J.S. and Singer, J.M. (2011). Leverage analysis for linear mixed models. **Journal of Applied Statistics, 38,** 1063–1072 \\ doi:10.1080/02664761003759016 - Paulino, C.D. e Singer, J.M. (2006). **Análise de dados categorizados**. São Paulo: Blücher - Rocha, F.M.M. and Singer, J.M. (2018). Selection of terms in random coefficient regression models. **Journal of Applied Statistics, 45**, 225-242. \\ doi:10.1080/02664763.2016.1273884 - Shah, D.A. and Madden, L.V. (2004). Nonparametric analysis of ordinal data in designed factorial experiments. **Phytopathology, 94**, 33-43. \\ doi:10.1094/PHYTO.2004.94.1.33 - Singer, J.M. and Andrade, D.F. (2000). Analysis of longitudinal data. In **Handbook of Statistics, Volume 18: Bio-Environmental and Public Health Statistics**,\\ eds. P.K. Sen and C.R. Rao. Amsterdam: North Holland, 115-160. - Singer, J.M., Nobre, J.S. e Rocha, F.M.M. (2018). **Análise de Dados Longitudinais** (versão parcial preliminar).\\ http://www.ime.usp.br/~jmsinger/MAE0610/Singer&Nobre&Rocha2018jun.pdf - Singer, J.M., Poleto, F.Z. and Rosa, P. (2004). Parametric and nonparametric analyses of repeated ordinal categorical data. **Biometrical Journal, 46**, 460-473. \\ doi: 10.1002/bimj.200310045 - Singer, J.M., Rocha, F.M.M. and Nobre, J.S. (2017). Graphical tools for detecting departures from linear mixed models assumptions and some remedial measures. **International Statistical Review, 85**, 290-324. \\ doi:10.1111/insr.12178 - Singer, J.M., Rocha, F.M.M., André, C.D.S. and Zerbini, T. (2019). Fitting mixed models to messy longitudinal data: a case study involving estimation of post mortem intervals. **Brazilian Journal of Probability and Statistics, 33**, 161-183.\\ doi:10.1214/17-BJPS382 - Verbeke, G. and Molenberghs, G. (2001). **Linear Mixed Models for Longitudinal Data**. New York: Springer. - Vonesh, E.F. and Chinchilli, V.M. (1997). **Linear and Nonlinear Models for the Analysis of Repeated Measurements**. New York: Marcel Dekker. * **Dissertações e teses** - Aoki, R. (2001). Modelos de regressão com erros nas variáveis com intercepto nulo. Tese de doutoramento.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo (co-orientador: Heleno Bolfarine). - Andreoni, S. (1989). Modelos de efeitos aleatórios para análise de dados longitudinais desbalanceados em relação ao tempo. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Cúri, M. (1999). Medidas repetidas com covariáveis dependentes do tempo: um exemplo com dados incompletos. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Domenech, C.H. (1989). Métodos exploratórios e utilização de medidas resumo para análise de dados longitudinais. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Giampaoli, V. (1999). Inferência estatística para modelos lineares com restrições nos parâmetros em condições regulares e não regulares.\\ Tese de doutoramento. Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Higashi, C. (1995). Análise de perfis para experimentos em blocos aleatorizados. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Lora, M.I. (2004). Modelos de regressão Beta-Binomial/Poisson para contagens bivariadas. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Nobre, J.S. (2004). Métodos de diagnóstico para modelos lineares mistos. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Papescu, S. (1995). Análise de perfis com dados incompletos. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Rocha, F.M.M. (2004) Seleção de estruturas de covariância para dados com medidas repetidas. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Rocha, F.M.M. (2009). Efeito da estrutura de covariância na análise de dados longitudinais. Tese de doutoramento.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Rosa, P. (2001). Análise não paramétrica de dados ordinais com medidas repetidas. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Sañudo, A. (2000). Intervalos de confiança para curvas percentuais de peso fetal estimado em gestações gemelares. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Sef, H.C. (1999). Modelos multiplicativos de regressão para dados pré-teste/pós-teste em blocos. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Shinzato, A.R. (2004) Curvas de referência não linearizáveis baseadas em dados longitudinais. Dissertação de mestrado.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Soler, J.M.P. (1997). Contribuições ao estudo do modelo de Potthoff e Roy para curvas de crescimento. Tese de doutoramento.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. - Suyama, E. (1995). Identificação de um modelo de efeitos aleatórios. Tese de doutoramento.\\ Departamento de Estatística, Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo. * **Avaliação** - **Exercícios** - **Provas** : - **Reavaliação**: * **Listas de exercícios** - As listas devem ser entregues em grupos de 5 ou 6 alunos. - Os relatórios devem ser impressos e rotulados (cada grupo deve escolher um rótulo) com data e indicação do número da lista. - Os comandos R comentados devem ser enviados por correio eletrônico num arquivo rotulado conforme as indicações acima. * Lista 1 Exercícios * Lista 2 Exercícios * Lista 3 Exercícios * Lista 4 Exercícios * Dados Daphnia similis http://www.ime.usp.br/~jmsinger/MAE0610/Daphnia.zip * Dados lactação http://www.ime.usp.br/~jmsinger/MAE0610/Lactacao.xls * Dados Kenward http://www.ime.usp.br/~jmsinger/MAE0610/Kenward1987.xls * Resumo (análise de dados gaussianos e não-gaussianos) http://www.ime.usp.br/~jmsinger/MAE0610/42RRegionalABE.pdf * Comandos e resultados para a análise de perfis do Exemplo 5.4.1 de Singer&Nobre&Rocha2017mai. http://www.ime.usp.br/~jmsinger/MAE0610/exemp541.pdf * Comandos e resultados para a análise de perfis do Exemplo 5.5.1 de Singer&Nobre&Rocha2017mai. http://www.ime.usp.br/~jmsinger/MAE0610/exemp551.pdf * Comandos e resultados para a análise de perfis do Exemplo 5.6.1 de Singer&Nobre&Rocha2017mai. http://www.ime.usp.br/~jmsinger/MAE0610/exemp561.pdf