Pagina do Curso de Verão em Bioinformatica 2016


Sobre o Curso

A Bioinformática envolve diversas disciplinas das áreas de ciências exatas e biológicas. Nesse curso de verão serão apresentados conceitos introdutórios e também aplicações práticas, os quais são fundamentais para compreensão de diferentes problemas biológicos, como também as soluções computacionais envolvidas.


O curso de verão tem como finalidade contribuir para a introdução dos participantes na área de bioinformática, abordando os principais temas da área. Nosso objetivo, em particular, é proporcionar uma preparação básica aos potenciais candidatos ao programa de mestrado e/ou doutorado em bioinformática, oferecido pelo programa Interunidades da USP.


Público Alvo

Graduados ou concluintes de graduação interessados em cursar Mestrado em Bioinformática.

Mestres ou mestrandos interessados em cursar Doutorado em Bioinformática.


Informações e Inscrições

Inscrições: 15/10/2014 a 15/11/2014.


INSCRIÇÕES ENCERRADAS!

Divulgação da 1a seleção: 22/11/2014.

Data para depósito: 22/11/2014 a 28/11/2014.



CLIQUE AQUI PARA VER A LISTA DE NOMES SELECIONADOS NA 1a LISTA


Divulgação da 2a seleção: 01/12/2014.

Data para depósito: 01/12/2014 a 05/12/2014.



CLIQUE AQUI PARA VER A LISTA DE NOMES SELECIONADOS NA 2a LISTA


*Divulgação da 3a seleção: 08/12/2014.

*Data para depósito: 08/12/2014 a 12/12/2014.



CLIQUE AQUI PARA VER A LISTA DE NOMES SELECIONADOS NA 3a LISTA




Contatos:

Comissão Organizadora:

Email: cvbioinfo2015@gmail.com


Secretaria do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática:

Patrícia Martorelli

Tel: (11) 3091-9980


Vagas oferecidas:

Serão oferecidas 72 vagas, dentre elas:

36 vagas destinadas aos interessados da área de ciências exatas.

36 vagas destinadas aos interessados da área de ciências biológicas.



SOMENTE OS CANDIDATOS SELECIONADOS DEVERÃO CONFIRMAR SUA INSCRIÇÃO POR MEIO DE DEPÓSITO IDENTIFICADO.


O valor da inscrição é de R$250,00.


Dados Bancários para depósito:

Banco do Brasil

AG: 2665-4

CC: 33404-9

Beneficiário: AB3C

CNPJ: 07.078.103/0001-13

Preencha o identificador 1 com seu CPF. O identificador 2 e 3 deixem em branco.


Envie cópia do recibo por e-mail para cvbioinfo2015@gmail.com e aguarde confirmação pelo e-mail.


Período do curso: 26/01/2015 a 30/01/2015.

Horário: Segunda a sexta-feira, das 8h30 às 12h30 e das 14h00 às 18h00.


Local:

- As aulas (26/01/2015 a 29/01/2015) serão realizadas no Auditório Antônio Gilioli, localizado no bloco A do IME.
- Na sexta-feira (30/01/2015) a aula será na Sala Multimídia do Instituto de Química, localizada no bloco 1 do IQ.


Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (IME-USP)

Rua do Matão, 1010 - Cidade Universitária, Bloco A (veja o item 23 do mapa)

CEP 05508-090 - São Paulo - SP - Brasil


Instituto de Química da Universidade de São Paulo (IQ-USP)

Av. Prof. Lineu Prestes, 748 - Cidade Unersitária, Bloco 1 (veja o item 41 do mapa)

CEP 05508-000 - São Paulo - SP - Brasil.



Os certificados serão fornecidos pela AB3C para os participantes que apresentarem pelo menos 70% de presença.

*Em caso de cancelamento da inscrição, não haverá estorno da taxa de inscrição.


Hospedagem

Clique aqui e veja algumas sugestões de hospedagens.


Palestrantes

Dr. Ariane Machado-Lima - EACH - USP

Dr. Arthur Gruber - ICB - USP

Dr. Fernando Dini Andreote - ESALQ - USP

Dr. Fernando Luís Barroso da Silva - FCFRP - USP

Dr. Helder Takashi Imoto Nakaya - FCF - USP

Dr. João Carlos Setubal - IQ - USP

Dr. Julia Maria Pavan Soler - IME - USP

Dr. Ronaldo Fumio Hashimoto - IME - USP

Dr. Sergio Russo Matioli - IB - USP

Mestrando Deyvid Emanuel Amgarten - BIOINFO - USP

Mestranda Fernanda Orpinelli - BIOINFO - USP

Mestrando Gianluca Major Machado da Silva - BIOINFO - USP

Doutorando Danillo Cunha de Almeida e Silva - BIOINFO - USP

Doutorando Omar Julio Sosa - BIOINFO - USP

Doutorando Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa - BIOINFO - USP

Doutorando Sérgio Nery Simões - BIOINFO - USP


Temas Abordados

** Introdução a Ciências Biológicas:

-Dogma central: DNA, RNA, proteína.

-Genoma e organização: procariotos e eucariotos.

-Eletroforese.

-PCR.

-Estrutura primária, secundária e terciária da proteína.

-Metabolismo e bioquímica.

-Splicing alternativo.

-Transcritoma e redes metabólicas.

-Processamento do RNA.


** Introdução a Bioinformática:

-O que é Bioinformática?

-Quais são as suas tendências atuais?


** Alinhamentos:

-Sentido biológico;

-Identidade, similaridade, homologia;

-Genes homólogos, ortólogos, parálogos;

-Alinhamento para busca de similaridade;

-Sistema de scores/gaps, PAMs, BLOSUMs;

-Programas do Blast (blastn, blastp, ...);

-Alinhamentos locais, globais, semi-globais, múltiplos;

-Aplicações.


** Introdução a Computação:

-Algoritmos, programas e complexidade computacional.

-Banco de dados relacional.


** Introdução à estatística:

-Eventos e probabilidade, probabilidade condicional e independência.

-Regra de Bayes, variáveis aleatórias discretas e contínuas, soma de variáveis aleatórias, média e variância.

-Análise exploratória de dados, testes populacionais, modelos de regressão.

-Aplicações em Bioinformática.


** Reconhecimento de Padrões Aplicado a Bioinformática:

Atualmente a biologia molecular tem produzido uma enorme quantidade de dados compartilhados em inúmeros bancos de dados públicos distribuídos pela internet. A grande dificuldade atual não é a produção dos dados biológicos, mas sim, o processamento e análise desses dados. A área de reconhecimento de padrões possue diversas ferramentas que podem auxiliar nesta tarefa. Nesta apresentação, pretende-se discutir os principais conceitos da área de reconhecimento de padrões e apresentar exemplos de ferramentas da área aplicadas a problemas da biologia molecular.


** Filogenia e Evolução:

-Tipos de representação de topologias

-Critérios de filogenia:Parsimônia, distância e verossimilhança

-Algoritimos de distancia

-Analises de sustentação de topologia.


** Bioinformática Estrutural:

-O que é Bioinformática Estrutural?

-Desafios: Problemas biológicos importantes na área.

-Aspectos físicos e computacionais.

-Interação proteína-proteína, proteína-nanopartícula e proteína-polieletrólitos.


** Mundo dos RNAs:

-O que são os RNAs não-codificantes (incluindo os microRNAs)?

    -Principais características

    -Diversos tipos

    -Funções

    -Envolvimento com doenças

-No que a bioinformática pode ajudar

-Desafios computacionais no estudo de ncRNAs


** Transcritômica, suas possibilidades e caso de uso na compreensão da angiogênese:

-Transcritômica?

    -O que é?

    -Como é feito?

    -Pra que serve?

-Transcritômica aplicada ao estudo da formação de vasos sanguíneos (angiosênese)

-O que a bioinformática tem a ver com isso?


** Biologia de Sistemas:

-Ciência reducionista x Ciência holí­stica.

-Caracterí­sticas essenciais da biologia de sistemas.

-Princípios da teoria de grafos.

-Modelos computacionais em pesquisa genômica.

-Aplicações na ciência e na medicina personalizada.


** O que a metagenômica nos fala sobre comunidades microbianas complexas?

A metagenômica surgiu inicialmente com base na colagem de fragmentos de DNA extraído de diversos ambientes. Atualmente, este termo é usado para caracterizar o sequenciamento direto do DNA ambiental, dando origem enormes quantidades de sequências, posteriormente utilizadas como informação básica para uma série de inferências. Os grandes desafios residem na determinação das melhores análises a serem realizadas, e na validade dos resultados obtidos. Fatores importantes, como a cobertura da comunidade, ou a correta afiliação das sequências obtidas são amplamente discutidos. Nesta palestra, um exemplo será utilizado (metagenômica em solos de manguezais) para mostrar as possibilidades, e os desafios do uso desta metodologia na busca por uma melhor compreensão da ecologia microbiana em solos.


** Anotação automática de sequências biológicas: ontologias e sistemas de pipelines:

-O que é anotação

-Formatos de anotação (feature table e GFF3)

-Ontologias de sequências (SO) e de genes (GO)

-Construção de pipelines de anotação automatizada com o uso do sistema EGene2

-Conceitos teóricos deverão ser apresentados e discutidos com o uso de exemplos reais, de maneira que os estudantes possam assimilá-los de forma intuitiva.


** Curso prático de programação em python para Bioinformática:

- Interpretadores e interface interativa

- Tipos básicos de variáveis e operações

- Manipulação de listas, tuplas, conjuntos e dicionários

- Uso de módulos básicos em python

- Criação e uso de funções

- Orientação a objetos em python

- Manipulação de arquivos

- Biopython na bioinformática


** Apresentação de trabalhos em desenvolvimento por alunos do programa:


- Mestrando: Deyvid Emanuel Amgarten

  Título: Análise computacional da diversidade de vírus em amostras de compostagem do Zoologico de São Paulo.

  Orientador: Prof. Dr. João Carlos Setúbal


- Mestrando: Gianluca Major Machado da Silva

  Título: Desenvolvimento de uma ferramenta para o suporte à análise de dados metagenômicos.

  Orientador: Prof. Dr. João Carlos Setúbal


- Doutorando: Danillo C. Almeida e Silva

  Título: Sifter-T: A scalable and optimized framework for the Sifter phylogenomic method of probabilistic protein domain annotation.

  Orientador: Prof. Dr. Ricardo Z. N. Vêncio


- Doutorando: Omar Julio Sosa

  Título: Análise do transcritoma de tumores pancreáticos a partir de dados de RNA-Seq.

  Orientador: Prof. Dr. Eduardo Moraes Rego Reis


Agenda





  26/01 27/01 28/01 29/01 30/01

8:30

Abertura do Curso




Introdução à Estatística


Dr. Julia Pavan - IME - USP

Anotação automática de sequências biológicas


Dr. Arthur Gruber - ICB - USP


Metagenômica



Dr. Fernando Dini Andreote - ESALQ - USP


Apresentação do Programa Interunidades de Pos-Graduação em Bioinformática-USP



9:00

Introdução: Ciências Biológicas


Mestranda Fernanda Orpinelli - BIOINFO - USP




10:30

Coffee-break

10:45

Introdução: Ciências Exatas


Doutorando Sérgio Nery Simões - BIOINFO - USP


Reconhecimento de Padrões


Dr. Ronaldo Fumio Hashimoto - IME - USP





Continuação

Biologia Sistêmica


Dr. Helder Takashi Imoto Nakaya - FCF - USP




Curso Prático - Python para Bioinformática


Doutorando Danillo C. Almeida e Silva - BIOINFO - USP


Doutorando Sérgio Nery Simões - BIOINFO - USP




12:30

Almoço

14:00

Introdução à Bioinformática



Dr. João Carlos Setubal - IQ - USP



Transcritoma



MSc. Rodrigo Guarischi M. A. Sousa - BIOINFO - USP

RNAs não-codificantes


Dra. Ariane Machado-Lima - EACH - USP



Trabalhos em desenvolvimento


Alunos do programa:


- Deyvid E. Amgarten

- Gianluca Major M. da Silva







Continuação




15:30

Coffee-break

16:00 - Encerramento

15:45

Alinhamentos


Dr. João Carlos Setubal - IQ - USP

Filogenia e Evolução


Dr. Sergio Russo Matioli - IB - USP



Trabalhos em desenvolvimento


Alunos do programa:


- Danillo C. A. Silva

- Omar Julio Sosa





Bioinformática Estrutural


Dr. Fernando Luís Barroso da Silva - FCFRP - USP


18:00

Encerramento das atividades do dia

Organização