Sobre o Curso de Verão

Os Pós-Graduandos e a Comissão de Pós-Graduação Interunidades em Bioinformática da Universidade de São Paulo têm o prazer de anunciar o IX Curso de Verão em Bioinformática.

O curso acontece todos os anos com o objetivo de divulgar o Programa de pós em bioinfomática USP, assim como fornecer uma introdução aos vários temas de estudo dentro da Bioinformática.

Venham para o nosso lado da força :D

Datas Importantes

LOCAL: Instituto de Matemática e estatística IME - USP

DATA DO CURSO: 30 de Janeiro a 03 de Fevereiro de 2017

INSCRIÇÕES: 03 a 31 de Outubro de 2016

RESULTADO DA SELEÇÃO: 07 de Novembro

CONFIRMAÇÃO DE VAGA: Até 14 de Novembro

SEGUNDA CHAMADA: 16 de Novembro

A área de Bioinformática têm obtido grande destaque nos últimos anos devido à grande quantidade de dados biológicos gerados e envolve diversas disciplinas das áreas de ciências exatas e biológicas. Nesse curso de verão serão apresentados conceitos introdutórios e também aplicações práticas, os quais são fundamentais para compreensão dos diferentes problemas biológicos e também das soluções computacionais envolvidas. O objetivo do curso é contribuir para a introdução dos participantes na área de bioinformática, abordando os principais temas da área. E em particular proporcionar uma preparação básica aos potenciais candidatos ao programa de mestrado e/ou doutorado em bioinformática, oferecido pelo nosso programa.

Desde já, sejam bem-vindos ao nosso Curso de Verão e bom aprendizado!

Público-Alvo (Importante!!!)

A) Alunos de graduação ou recém egressos;
B) Pessoas da área acadêmica ou empresarial com interesse em Bioinformática e na realização de uma pós-graduação na área.
C) Todos os candidatos devem possuir currículo da plataforma lattes para avaliação (Exceto estrangeiros)

Informações e Inscrições

Inscrições:

Como o número de inscrições ultrapassa o número de vagas disponíveis, faremos uma seleção dos alunos com base no currículo Lattes (brasileiros) e no perfil de respostas da ficha de pré-incrição (brasileiros e estrangeiros).
Contamos com a compreensão de todos.

Vagas oferecidas:

Serão oferecidas 50 vagas, dentre elas:
25 vagas destinadas aos interessados da área de ciências exatas (computação, estatística, etc.).
25 vagas destinadas aos interessados da área de ciências biológicas (biologia, biomedicina, etc.).

Link para inscrições:
Formulário de pré-inscrição

Isenção:
Em casos excepcionais, ofereceremos a possibilidade de isenção do valor da inscrição. O candidato terá que preencher formulário adicional (disponibilizado abaixo) com justificativa para o pedido e documentos que julgar necessário para embasar a necessidade de isenção. Frisamos que as vagas de isenção são limitadas e somente casos excepcionais que se justifiquem serão atendidos. Gratos pela compreensão.

Prazo para solicitação de isenção encerrado.

Nomes selecionados

Primeira lista
Segunda lista

Lista de isentos

Somente para os selecionados:

Os alunos selecionados deverão realizar o depósito referido abaixo e enviar o comprovante por email para que possamos confirmar a inscrição. Os alunos que não realizarem este procedimento até a segunda-feira (14/11) às 12h terão suas vagas desconsideradas e outro candidato da lista de espera será chamado em seu lugar.

O valor da inscrição: R$200 (Brazilian real)
Dados Bancários para depósito ou tranferência online:
Banco do Brasil
AG: 2665-4
CC: 33404-9
Beneficiário: AB3C
CNPJ: 07.078.103/0001-13
Preencha o identificador 1 com seu CPF. O identificador 2 e 3 deixem em branco.

Envie cópia do recibo por e-mail para cvbioinf@ime.usp.br e aguarde confirmação.

Hospedagem

Hospedagens próximas à Cidade Universitária:
Link

Obs: O curso não cobre gastos com transporte, estadia e alimentação.

Palestrantes

Dr. Alan Durham - Instituto de Matemática e Estatística, IME-USP
Dra. Aline Maria da Silva - Instituto de Química, IQ-USP
Dra. Ana Tahira - Instituto de Psiquiatria, IPQ-FMUSP
Dr. André Fujita - Instituto de Matemática e Estatística, IME-USP
Dr. André Yoshiaki Kashiwabara - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR
Dr. Arthur Gruber - Instituto de Ciências Biomédicas, ICB-USP
Dr. Eduardo Reis - Instituto de Química, IQ-USP
Dr. Fernando Barroso - Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, FCFRP-USP
Dr. Israel Tojal - Hospital AC Carmargo Câncer Center
Dr. João Carlos Setubal - Instituto de Química, IQ-USP
Dr. João Marcelo Alves - Instituto de Ciências Biomédicas, ICB-USP
Dr. Luciano Araújo - Escola de Artes, Ciências e Humanidades, EACH-USP
MSc. Luiz Thiberio Rangel - Instituto de Química, IQ-USP
Dr. Marcos Buckeridge - Instituto de Biociências, IB-USP
Dr. Ronaldo Hashimoto - Instituto de Matemática e Estatística, IME-USP
Dr. Sérgio Nery Simões - Instituto Federal do Espíro Santo, IF-ES

Temas Abordados (Sujeitos a mudanças)

***Pasta com as aulas disponibilizadas do curso***

* Introdução à Bioinformática
Bioinformática é uma área de estudo interdisciplinar que combina ciência da computação, estatística, matemática e engenharia para analisar e interpretar dados biológicos, através do desenvolvimento de métodos e ferramentas de software. (coleção, classificação, armazenamento e análise de informação usando computadores).

* Alinhamentos de sequências
Forma de organizar sequências de DNA, RNA e proteínas para identificar regiões de similaridade que podem ser consequências de relações evolutivas, estruturais ou funcionais entre sequências.

* Genômica
Ramo da bioinformática que aplica técnicas de genética e biologia molecular ao mapeamento genético, sequenciamento, montagem e análise da função e da estrutura de genomas.

* Transcritômica e RNAs
Transcritômica é o estudo dos transcritos de RNA de uma célula, tecido ou organismo e visa caracterizar o padrão de expressão gênica e suas mudanças com relação a vários fatores.

* Metagenômica
Estudo genômico de comunidades em amostras ambientais através do uso de técnicas que não requerem o isolamento e cultivo de espécies individuais em laboratórios. Permite avaliar diversidade e abundância de espécies em processos biológicos complexos e fornece conjuntos de dados relevantes para estudos funcionais e de interações entre organismos.

* Estatística para análise de dados biológicos
Uma dos campos chave em bioinformática, a teoria estatística pode ser aplicada desde em testes que conferem robustez aos resultados e hipóteses biológicas até em algoritmos de aprendizado computacional (machine learning) para modelar e prever processos e interações biológicas.

* Mineração de dados (data mining) e banco de dados
Processo computacional para descobrir padrões em grandes conjuntos de dados. Visa extrair informação de um conjunto de dados e transformá-lo em uma estrutura compreensível para uso posterior.

* Filogenias e evolução
Filogenética é o campo da biologia responsável pelo estudo da história evolutiva e relações entre organismos ou grupos de organismos. Essas relações são descobertas através de métodos que avaliam a presenças de traços herdáveis, sobretudo aqueles presentes nas sequências de DNA e AA dos organimos. Essas análises e inferências possuem modelos evolutivos como base.

* Desenvolvimento de ferramentas bioinformáticas e aplicação
O desenvolvimento de ferramentas que resolvam problemas biológicos complexos envolve a ação conjunta de profissionais da area biológica e de desenvolvimento. A tradução de modelos biológicos para a área computacional requer a criação de algoritmos e implementação dos mesmos em interfaces gráficas ou de linha de comando de forma que o uso seja fácil para o usuário final (geralmente biólogos). Ferramentas computacionais para problemas biológicos podem ser desenvolvidas em diferentes linguagens de programaão, como Perl, Python e Java, sendo o próprio blast+ NCBI uma ferramenta para alinhamento de sequencias biológicas que revolucionou o campo da biologia molecular e bioinformática.

* Biologia de sistemas
Modelagem matemática e computacional de sistemas biológicos complexos. Um dos objetivos é modelar e descobrir propriedades emergentes, propriedades de células, tecidos e organismos que funcionam como um sistema, cuja descrição teórica só é possível por meio de técnicas que são da competência da biologia de sistemas.

* Biologia e Modelagem estrutural
A importância de simulação computacional em diferentes áreas científicas é crescente. O prêmio Nobel de Química concedido em 2013 pelo desenvolvimento de métodos híbridos de simulação molecular é um claro reconhecimento desta importância. Neste seminário abordarei princípios e aproximações envolvidas em simulação computacional de biomoléculas. Em seguida, apresentarei exemplos de aplicações. Em particular, mostrarei como potenciais híbridos de química quântica e mecânica molecular (QC/MM) podem ser usados para estudar detalhadamente mudanças de estrutura eletrônica em biomoléculas e outros sistemas complexos.

* Medicina Personalizada
Modelo médico que propõe a personalização de cuidados da saúde. Teste diagnóstico é empregado com frequência para selecionar terapias ótimas e apropriadas com base na genética do paciente ou outras análises celulares/moleculares.

* Cursos práticos introdutórios de Terminal Linux e Python
Linux é um sistema operacional implementado sob modelo de software livre e de código aberto, assim como Python (linguagem de programação de alto nível) e R (linguagem de programação para computação estatística e gráficos). Python e R são comumente utilizados em programação e scripts com uso em bioinformática.

Programação

Grade do curso em pdf: Link

As aulas serão realizadas em período integral (8h30 às 18h) durante uma semana (de Seg a Sex).
Localização: Instituto de Matemática e Estatística IME - USP. Campus Butantã, São Paulo. Salas a definir.

As aulas serão ministradas em português.
A frequência exigida nas aulas e palestras será de 70%*.
*Alunos que não atingirem esta frequência NÃO receberão o certificado.

Contato

Comissão Organizadora:

Email para comissão organizadora: cvbioinf@ime.usp.br

Dr. João Carlos Setubal
Ana Ciconelle
André Barbosa
Andrew Thomas
Cynthia Villar
Deyvid Amgarten
Gianluca Major
Mindy Muñoz
Pedro Russo
Raquel Riyuzo
Ricardo Cacheta Waldemarin
Vinicius Jardim Carvalho

Secretaria do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática:

Cristiane Braulino
Email: cpgbio@ime.usp.br
Tel: (11) 3091-9980

Realização

Universidade de São Paulo
Interunidades em Bioinformática
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C)

Patrocinadores

O Curso de Verão em Bioinformática conta com o apoio e patrocínio GOLD da QIAGEN

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