Alunos de doutorado tem a possibilidade de realizar parte dos seus estudos em universidades no exterior. Períodos de 6 meses a 1 ano podem ser financiados através de bolsas de doutorado sanduíche (CNPq-SWE, CAPES-PDSE, FAPESP-BEPE) que podem, em alguns casos, ser realizados com a obtenção de titulação dupla.
 
As parcerias vigentes com universidades estrangeiras estão listadas abaixo por área de pesquisa do programa.
 
Equações Diferenciais e Aplicações  
Leibniz Universität Hannover, Alemanha
Université Nice Sophia Antipolis, França
University of Vienna, Áustria
American University of Beirut, Líbano
Universidad Complutense de Madrid, Espanha
University of Minnesota, EUA
Universidad de Buenos Aires, Argentina
 
Física Matemática
Gran Sasso Sci. Inst. L’Aquila, Itália
Tel Aviv University, Israel
Princeton University, EUA
University of Groningen, Holanda
Delft University of Technology, Holanda
Université Paris-Est, França
Université de Bordeaux, França
 
Modelagem Matemática e Aplicações
York University, Canadá
 
Matemática Aplicada Computacional
University of Exeter, Inglaterra
Imperial College, Inglaterra
Stanford University, EUA
University of Florida, EUA
Technische Universität Dresden, Alemanha
Universidad de La Frontera, Chile
Universidad de La Plata, Argentina
Louisiana State University, EUA
University of Concepción, Chile
Technische Universität Wien, Áustria
Technische Universität Berlin, Alemanha
University Duisburg-Essen, Alemanha
University of Namur, Bélgica
Kyoto University, Japão
 
Sistemas Dinâmicos
University of Liverpool, Inglaterra
University of Florida, EUA
University of Jena, Alemanha
Paris 6 e 7, França
Universidad de Santiago, Chile