IME-USP

Alan Mitchell Durham
Professor Associado 2
Departamento de Ciência da Computação

Endereço: Rua do Matão, 1010
CEP 05508-090 – São Paulo – SP – Brasil
Sala: 201C
Telefone: (11) 3091-9877

Educação e Títulos Acadêmicos
Prof. Livre Docente, Instituto de Matemática e Estatística da USP, 2015.
Doutorado, Ciência da Computação, University Of Illinois At Urbana Champaign, Estados Unidos, 1997.
Mestrado, Matemática Aplicada, IME-USP, 1987.
Graduação em Matemática, IME-USP, 1983.

Cursos que costuma lecionar
Introdução à Programação Para Bioinformática; Sistemas Operacionais; Bioinformática Instrumental; Princípios Fundamentais de Linguagens de Programação; Tópicos Avançados de Linguagens de Programação; Computação Instrumental; Introdução à Ciência da Computação; Paradigmas de Linguagens de Programação; Programação Orientada a Objetos; Sistemas Operacionais; Teoria e Construção de Compiladores.

Publicações selecionadas
1. KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI; BONADIO, ÍGOR; ONUCHIC, VITOR; AMADO, FELIPE; MATHIAS, RAFAEL; Durham, Alan Mitchell. ToPS: A Framework to Manipulate Probabilistic Models of Sequence Data. PLOS Computational Biology (Online), v. 9, p. e1003234, 2013.
2. Paschoal, Alexandre Rossi; Maracaja-Coutinho, Vinicius; Setubal, João Carlos; Simões, Zilá Luz Paulino; Verjovski-Almeida, Sergio; Durham, Alan Mitchell. Non-coding transcription characterization and annotation: A guide and web resource for non-coding RNA databases. RNA BIOL, v. 9, p. 274-282, 2012.
3. MACHADO-LIMA, A.; KASHIWABARA, A. Y.; DURHAM, A. M.. Decreasing the number of false positives in sequence classification. BMC Genomics, v. 11, p. S7, 2010.
4. DURHAM, A. M.; MACHADO-LIMA, A.; Hernando A. del Portillo. Computational methods in noncoding RNA research. Journal of Mathematical Biology (Print), v. 56, p. 15-49, 2007.
5. DURHAM, A. M.; KASHIWABARA, A. Y.; MATSUNAGA, F.; AHAGON, P.; RAINONE, F.; VARUZZA, L.; GRUBER, A.. EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. Bioinformatics (Oxford. Print), Bioinformatics Advance Access, v. 21, p. 2812-2813, 2005.