Orientador

Área de pesquisa

Alan Mitchell Durham

Desenvolvimento de Compiladores, Bioinformática, Implementação de Linguagens de Programação, Engenharia de Software, Computação Móvel

Alessandra Alaniz Macedo

Extração de Informação, Informática Biomédica, Computação ubíqua

Aline Maria da Silva

Regulação e Função de serina/treonina proteínas, fosfatases em microorganismos, Mecanismos de patogenicidade de Xylella fastidiosa.

Anatoly Yambartsev

Modelagem de redes em Systems Biology

André Fujita

Bioinformática, Microarrays, Redes Regulatórias

Angela Kaysel Cruz

Projeto genoma de Leishmania; aspectos estruturais da organização do genoma; construção de mapas físicos, análises de bibliotecas de cDNA.

Ariane Machado Lima

Bioinformática; Identificação computacional de RNAs não codificantes; Linguagens formais;

Arthur Gruber

Biologia Molecular de Microorganismos, Biologia molecular de coccídias, Desenvolvimento de aplicativos de Bioinformática.

Carlos Alberto de Braganca Pereira

Inferência Bayesiana em Engenharia, Inferência Bayesiana

Carlos Alberto Labate

Transformação genética de Eucalipto, Bioinformática aplicada à genômica e proteômica, Genômica Funcional e Proteômica com ênfase na regulação da expressão gênica, formação da madeira, resistência à ferrugem e resistência ao estresse hídrico em plantas de eucalipto.

Carlos Frederico Martins Menck

Estudos de Reparo de DNA e suas consequências Biológicas

Clever Ricardo Guareis de Farias

Métodos de análise e projeto de software baseados em componentes, Desenvolvimento de sistemas groupware baseado em componentes, Projeto e desenvolvimento de sistemas distribuídos, Modelagem Conceitual, Desenvolvimento Baseado em Modelos de Sistemas Sensíveis ao Contexto.

Eduardo Moraes Rego Reis

Análise integrada de dados genômicos de tumores humanos.

Fabricio Martins Lopes

Bioinformática, Reconhecimento de Padrões, Visão Computacional.

Fernando Luis Barroso da Silva

Modelagem Molecular, Bioinformática Estrutural, Interações fundamentais em Biofísica Molecular.

Glaucia Mendes Souza

Transdução de sinal da transição, crescimento/desenvolvimento, Transdução de Sinal da Cana-de-açúcar (SUCAST), Transcriptoma da Cana-de-açúcar.

Helaine Carrer

Biotecnologia e Biologia Molecular de Organelas, Biologia Molecular da Interação Planta-microrganismo, Genômica e Bioinformática.

Helder Takashi Imoto Nakaya

Biologia de Sistemas de RNAs Não Codificadores Longos, Imunologia de Sistemas

Helena Paula Brentani

Expressão Gênica, genomica, Microarray, Bioinformática, Câncer, Psiquiatria, diagnostico precoce de transtornos do neurodesenvolvimento

João Carlos Setubal

Desenvolvimento de novas ferramentas de bioinformática (indicado para alunos com formação em computação ou com boa experiência em programação) e análises computacionais de dados biológicos, geralmente de genômica ou transcritômica (indicado para alunos com formação em biociências)

João Eduardo Ferreira

Banco de dados, Banco de dados para extração de conhecimento, Integração de Sistemas de Informação, Modelagem de banco de dados.

João Marcelo Pereira Alves

Filogenia (tradicional e filogenômica, Evolução de genomas, Bioinformática, Metagenômica humana, Transcriptômica de eucariontes unicelulares e bactérias por sequenciamento de segunda geração, Genômica de eucariontes unicelulares e bactérias.

Julia Maria Pavan Soler

Mapeamento Genético de Doenças Complexas, Mapeamento Genético de fatores de risco cardiovascular, Aplicação e desenvolvimento de Métodos Estatísticos na Análise de Dados Genéticos e Genômicos

Junior Barrera

Aplicações da Morfologia Matemática em Análise de Imagens, Desenvolvimento de sistemas computacionais para análise de imagens, Pesquisa teórica em Morfologia Matemática, Identificação de redes de regulação gênica, Aplicação de projeto de operadores morfológicos a problemas reais de análise de imagens, Modelagem de sistemas multiagentes, Pesquisa teórica sobre o projeto de operadores morfológicos por aprendizado computacional.

Kelly Rosa Braghetto

Banco de dados, Sistemas distribuídos, Bioinformática

Koichi Sameshima

Estudo dos mecanismos de processamento temporal de informação nos sistemas sensoriais: abordagens eletrofisiológica, psicofísica e computacional, Abordagens psicofísicas e neuropsicológicas aplicadas no estudo dos sistemas sensoriais e na avalliação de cognitiva em humanos, Neuroimagem funcional.

Luciano Antonio Digiampietri

Web 2.0 e Web Semântica, Uso de Jogos na Educação, Gerenciamento de Processos de Negócio / Workflows Científicos, Otimização em Bancos de Dados, Montagem e Anotação de Genomas, Análise de Redes Sociais e Cientometria.

Luciano da Fontoura Costa

Processamento e Análise de Imagens, Modelagem e Simulação de Sistemas Neuronais, Bioinformática, Biologia Computacional.

Luiz Antonio Baccala

Equalização Cega de Canais, Causalidade entre Séries Temporais Muiltivariadas, Conectividade Neural.

Marcos Silveira Buckeridge

Estrutura e metabolismo da parede celular vegetal, Respostas de Plantas às Mudanças Climáticas Global, Ecofisiologia de Plantas Nativas, Bioquímica e Biotecnologia de Carboidratos de Plantas.

Odemir Martinez Bruno

Visão Computacional, Computação Paralela, Análise e processamento de imagens, Visão Artificial, Reconhecimento de padrões.

Paolo Marinho de Andrade Zanotto

Biologia Molecular de Baculovirus, Cultura de Tecidos de Insetos, Sequenciamento de DNA viral em grande escala, Virologia Molecular, Estudos de expressão gênica viral por realtime PCR e RLM-RACE, clonagem de DNA, Cultivo celular para replicação viral, Detecção viral por PCR.

Paulo Inácio de Knegt López de Prado

Ecologia de interação insetos-plantas, Ecologia de comunidades, Diagnóstico de biodiversidade, Pesquisa ambiental interdisciplinar, Análises multivariadas de dados ambientais, Biodiversidade e conservação, Ecologia de comunidades, Teoria e quantificação da diversidade biológica, Interação entre insetos e plantas, Ecologia e sociedades humanas, Ecologia Teórica.

Paulo Sérgio Lopes de Oliveira

Desenvolvimento de ferramentas computacionais para análise de genomas, Modelagem de bases de dados de transcriptomas, Abordagem computacional de problemas genéticos associados ao sistema cardiovascular, Análise de expressão gênica, Análise de regulação gênica usando modelagem molecular por homologia e dinâmica molecular, Splicing alternativo e função protéica: Uma bordagem através de estruturas de proteínas, Análise funcional de mutações através de abordagem computacional de estruturas protéicas, Seleção de marcadores genéticos de interesse comercial em bovinos.

Pedro Alexandre Favoretto Galante

Bioinformatica, Biologia Molecular, Genética Humana e Médica, Genética Molecular e de Microorganismos.

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio

Probabilidade e Estatística Aplicadas, Biologia Computacional, Bioinformática, Análise de Dados.

Roberto Marcondes Cesar Junior

Reconhecimento de padrões, Modelagem por redes, Visão Computacional, Análise de imagens, Bioinformática.

Ronaldo Fumio Hashimoto

Processamento de Imagens, Reconhecimento de Padrões, Morfologia Matemática, Bioinformática, Redes Booleanas Probabilísticas, Redes Booleanas.

Sergio Russo Matioli

Genética evolutiva, Genética quantitativa

Sergio Verjovski-Almeida

Expressão gênica diferencial em câncer, Expressão gênica em larga escala em Schistosoma mansoni - efeito de hormônios.

Taran Grant

Sistemática de anfíbios, Inferência filogenética, Herpetologia neotropical.

Tie Koide

Biologia Sistêmica de microorganismos. O Laboratório de Biologia Sistêmica de Microorganismos (LaBiSisMi) tem como *missão* contribuir para a compreensão de microorganismos, entendidos como um sistema dinâmico integrado, buscando modelos quantitativos multi-escala para entender seu comportamento, guiados pela Biologia Molecular Experimental em sinergia com a Matemática/Computação. Atualmente, trabalhamos com o estudo de uma archaea extremófila e a influência de RNAs não-codificantes na regulação gênica global.