Mestrados e Doutorados Concluídos

Ano Nível Título Aluno Orientador Defesa
2017Mestrado "Caravela: um navegador para metagenomas"  Gianluca Major Machado da Silva João Carlos Setubal 12/06/2017
2017Doutorado O transcritoma da retinopatia induzida por oxigênio e uma assinatura gênica prognóstica baseada em angiogênese para predição de recidiva de cancer de mama Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa João Carlos Setubal 02/06/2017
2017Doutorado Direto Um modelo Bayesiano de Meta-Análise para dados de Chip-Seq Pablo de Morais Andrade Carlos Alberto de Braganca Pereira 17/04/2017
2017Doutorado LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local Lucas Ferreira da Silva Sergio Verjovski de Almeida 11/04/2017
2017Mestrado COARSE-GRAINED MODELING OF THE PROTEIN COMPLEXATION PHENOMENA Sergio Alejandro Poveda Cuevas Fernando Luis Barroso da Silva 10/04/2017
2017Mestrado Análise de transcritomas de células de pacientes xeroderma pigmentosum após irradiação com luz UVA e estudo de retrocópias de genes de reparo Francisco Ivanio Arruda Alves Carlos Frederico Martins Menck 21/02/2017
2017Doutorado Direto A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos Felipe ten Caten Tie Koide 15/02/2017
2017Mestrado Estudo por simulação computacional em larga escala da complexação de proteínas do leite   Lariani Aparecida Delboni Fernando Luis Barroso da Silva 24/01/2017
2016Mestrado Análise exploratória de genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem em uma coleção de anotações de genomas  Bruno Ferreira de Souza Sergio Verjovski de Almeida 21/12/2016
2016Doutorado Análise computacional dos genomas de duas estirpes brasileiras de Bradyrhizobium de importância econômica Gesiele Almeida Barros de Carvalho Marie Anne van Sluys 09/12/2016
2016Mestrado Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoológico de São Paulo Deyvid Emanuel Amgarten João Carlos Setubal 18/11/2016
2016Mestrado Análise do Metaboloma da Cana-de-Açúcar ao Longo do Ciclo de Maturação da Planta Davi Toshio Inada Glaucia Mendes Souza 17/11/2016
2016Mestrado Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes Juan Manuel Vidal Garcia André Fujita 13/10/2016
2016Doutorado Origem de genes recentes, uma abordagem com PSSMs deterioradas e arquiteturas de domínio proteico Diego Trindade de Souza Sergio Russo Matioli 06/10/2016
2016Doutorado Direto Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços web semânticos para a análise de expressão gênica Gabriela Der Agopian Guardia Clever Ricardo Guareis de Farias 12/08/2016
2016Mestrado Uma Arquitetura de Question-Answering Instanciada no Domínio  de Doenças Crônicas Luciana Farina Almansa Alessandra Alaniz Macedo 08/08/2016
2016Mestrado Análise global da expressão de RNAs não codificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse Diogo Vieira da Silva Pellegrina Eduardo Moraes Rego Reis 28/07/2016
2016Doutorado Bioinformática aplicada à biologia sistêmica para a identificação dos fatores regulatórios do acúmulo de sacarose no colmo da cana-de-açúcar Fabrício Edgar de Moraes Carlos Alberto Labate 15/07/2016
2016Mestrado Desenvolvimento de um pipeline para anáise genômica de metilação do DNA Henrique Cursino Vieira Helena Paula Brentani 25/05/2016
2016Doutorado Integração de dados na inferência de redes de genes: avaliação de informações biológicas e características topológicas Fábio Fernandes da Rocha Vicente Fabricio Martins Lopes 02/05/2016
2016Doutorado Identificação in silico de ncRNAs no organismo modelo Halobacterium salinarum NRC-1 Marcos Abraão de Souza Fonseca Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio 25/04/2016
2016Mestrado Caracterização de sítios conformacionais de fosforilação em proteínas Felipe Augusto Nunes Ferraz Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 25/04/2016
2016Doutorado Caracterização e modelagem da atividade eletrofisiológica em pacientes com epilepsia Abner Cardoso Rodrigues Neto Koichi Sameshima 20/04/2016
2016Mestrado Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria Burkholderia sacchari Paulo Moisés Raduan Alexandrino André Fujita 15/04/2016
2016Doutorado Direto Desenvolvimento de um modelo biofísico para a descrição do processo de reparo de quebra-dupla em DNA Aymara Martínez Aragón Joao Dias de Toledo Arruda Neto 29/03/2016
2016Mestrado Processamento, extração de características e análise morfométrica automatizada de fibras mielínicas Rômulo Bourget Novas Joaquim Cezar Felipe 18/03/2016
2015Mestrado Ferramenta computacional para análise integrada de dados clínicos e biomoleculares Yuri Ferretti Joaquim Cezar Felipe 11/12/2015
2015Mestrado Implementação de abordagens computacionais para identificação de RNAs longos não codificadores envolvidos na diferenciação neural Gabriel Francisco Zaniboni Eduardo Moraes Rego Reis 03/12/2015
2015Doutorado Algoritmos evolutivos aplicados na investigação da adaptabilidade do código genético Lariza Laura de Oliveira Renato Tinós 30/11/2015
2015Doutorado Direto Implementação de uma abordagem híbrida utilizando modelagem comparativa e ab initio para predição de estruturas tridimensionais de proteínas contendo múltiplos domínios com conectores flexíveis  Rodrigo Vargas Honorato Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 17/11/2015
2015Doutorado Análise de componentes esparsos locais com aplicações em ressonância magnética funcional Gilson Vieira Luíz Antonio Baccala 13/10/2015
2015Mestrado Busca de variantes em sequência de DNA proveniente de pacientes com deficiência em processos de reparo do genoma Livia Maria Silva Moura Carlos Frederico Martins Menck 08/10/2015
2015Mestrado Caracterização da estrutura e dinâmica das redes funcionais neurais durante um processo de indução anestésica Eduardo Cocca Padovani André Fujita 06/10/2015
2015Mestrado Reconstrução e análise de genomas de bactérias de compostagem a partir de dados metagenômicos Leandro Nascimento Lemos João Carlos Setubal 23/09/2015
2015Mestrado Suporte ao desenvolvimento e à integração de ontologias no domínio biomédico Ricardo Cacheta Waldemarin Clever Ricardo Guareis de Farias 21/09/2015
2015Mestrado Exploração de espaços de parâmetros de modelos biológicos sob diferentes paradigmas estatisticos Andre Chalom Machado de Oliveira Paulo Inácio de Knegt López de Prado 02/09/2015
2015Doutorado Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas Deibs Barbosa João Carlos Setubal 21/08/2015
2015Mestrado Modelagem computacional de famílias de proteínas microbianas relevantes para produção de bioenergia Fernanda Orpinelli Ramos do Rego João Carlos Setubal 17/08/2015
2015Doutorado Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade Leandro de Araujo Lima Helena Paula Brentani 22/07/2015
2015Doutorado Direto Uma abordagem de integração de dados de redes PPI e expressão gência para priorizar genes relacionados a doenças complexas Sérgio Nery Simões Ronaldo Fumio Hashimoto 30/06/2015
2015Doutorado Direto Desenvolvimento da plataforma CaneRegNet para anotação funcional e análises do transcriptoma da cana-de-açúcar Milton Yutaka Nishiyama Junior Glaucia Mendes Souza 13/04/2015
2015Mestrado Utilização de informações termodinâmicas e estruturais na predição de sítios de ligação de receptores nucleares ao DNA: uma abordagem computacional Ana Claudia Mancusi Valeije Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 04/02/2015
2014Doutorado Direto Caracterização de processos evolutivos de vírus de RNA a partir de padrões deixados nas filogenias virais Caio César de Melo Freire Paolo Marinho de Andrade Zanotto 05/12/2014
2014Mestrado Análise gênica de comorbidades a partir da integração de dados epidemiológicos Karla Ferraz Néto Evandro Eduardo Seron Ruiz 01/12/2014
2014Mestrado Infraestrutura computacional para avaliação de similaridade funcional composta entre microRNAs baseada em ontologias Mariana Yuri Sasazaki Joaquim Cezar Felipe 19/08/2014
2014Mestrado Framework para classificação das mutações de vírus HIV Mina Cintho Ozahata João Eduardo Ferreira 15/05/2014
2014Doutorado Direto Metodologia para integração de dados genômicos, transcriptômicos e epigenéticos de câncer de pênis Fabio Albuquerque Marchi Silvia Regina Rogatto 14/04/2014
2013Doutorado Explorando a complexidade do transcriptoma humano José Eduardo Kroll Sandro José de Souza 12/12/2013
2013Doutorado Direto Troost - Busca de interações entre trios de SNPs em estudos de associação de genoma inteiro José Osório de Oliveira Azevedo Neto Sergio Russo Matioli 07/11/2013
2013Mestrado Sifter-T: Um framework escalável para anotação filogenômica probabilística funcional de domínios protéicos Danillo Cunha de Almeida e Silva Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio 25/10/2013
2013Mestrado Busca guiada de patentes de Bioinformática Marcio Branquinho Dutra Alessandra Alaniz Macedo 17/10/2013
2013Mestrado Um filtro iterativo utilizando árvores de decisão Oscar Picchi Netto José Augusto Baranauskas 24/09/2013
2013Mestrado SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs Amanda Rusiska Piovezani Ariane Machado Lima 12/09/2013
2013Mestrado Uma adaptação do método Binary Relevance utilizando árvores de decisão para problemas de classificação multirrótulo aplicado à genômica funcional Erica Akemi Tanaka José Augusto Baranauskas 30/08/2013
2013Mestrado Uma abordagem para a construção de uma única árvore a partir de uma Random Forest para classificação de bases de expressão gênica Thais Mayumi Oshiro José Augusto Baranauskas 27/08/2013
2013Doutorado Direto Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho Sergio Verjovski de Almeida 13/08/2013
2013Mestrado Análise in silico de regiões promotoras de genes de Xylella fastidiosa Fernando Domingues Kümmel Tria Aline Maria da Silva 24/06/2013
2013Mestrado Método de apoio à pesquisa e ao diagnóstico clínico na identificação de acometimento em diferentes tipos de fibras musculares por meio de imagens histopatológicas Marlon Polo de Melo Joaquim Cezar Felipe 17/06/2013
2013Mestrado Genômica translacional: integrando dados clínicos e biomoleculares Newton Shydeo Brandão Miyoshi Joaquim Cezar Felipe 06/02/2013
2012Doutorado Direto Estudo da poliadenilação alternativa: efeito dos polimorfismos nos elementos em cis no RNA e de transcritos em antissenso Suzana Andreoli Marques Ezquina Sandro José de Souza 25/10/2012
2012Mestrado Dinâmica da fermentação alcóolica: aplicação de redes booleanas na dinâmica de expressão gênica em linhagens de Saccharomyces Cerevisiae durante o processo fermentativo Melline Fontes Noronha Ronaldo Fumio Hashimoto 17/10/2012
2012Mestrado Inovações em técnicas de alinhamentos múltiplos e predições de genes Vitor Ferreira Onuchic Alan Mitchell Durham 05/10/2012
2012Mestrado Função de avaliação dinâmica em algoritmos genéticos aplicados na predição de estruturas tridimensionais de proteínas Luís Henrique Uchida Ishivatari Renato Tinós 28/09/2012
2012Mestrado Auto-organização da população em sistemas imunológicos artificiais aplicada ao docking de proteínas Helder Ken Shimo Renato Tinós 17/07/2012
2012Mestrado Método para auxiliar a interpretação de clusters de expressão gênica considerando sumarização automática Daniane Silva de Paula Alessandra Alaniz Macedo 29/05/2012
2012Doutorado Descrição da proveniência de dados para extração de conhecimento em sistemas de informação de hemoterapia Fernanda Nascimento Almeida Ester Cerdeira Sabino 23/05/2012
2012Mestrado Uma abordagem para a indução de árvores de decisão voltada para dados de expressão gênica Pedro Santoro Perez José Augusto Baranauskas 18/04/2012
2012Doutorado Bioinformática aplicada em RNomics: estratégias computacionais para caracterização de RNAs não-codificadores Alexandre Rossi Paschoal Alan Mitchell Durham 13/04/2012
2012Mestrado Uso de mapeamento conceitual para redução da descontinuidade semântica na recuperação de imagens microscópicas de carcinoma tireoidiano Hugo César Pessotti Alessandra Alaniz Macedo 13/04/2012
2012Mestrado Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária Bruna Renata Silva Corrêa Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio 02/04/2012
2012Mestrado Representação paramétrica de famílias de redes booleanas que produzem ondas de propagação Ubiratan Augusto Lima Junior Barrera 06/03/2012
2011Mestrado Uma abordagem baseada em ontologias e conectores para a integração semântica de ferramentas de análise de expressão gênica Flavia Akemi Miyazaki Clever Ricardo Guareis de Farias 15/12/2011
2011Mestrado Auxílio na prevenção de doenças crônicas por meio de mapeamento e relacionamento conceitual de informações em biomedicina Juliana Tarossi Pollettini Alessandra Alaniz Macedo 28/11/2011
2011Mestrado Método para processamento e análise computacional de imagens histopatológicas visando apoiar o diagnóstico de câncer de colo de útero Gisele Helena Barboni Miranda Joaquim Cezar Felipe 24/11/2011
2011Mestrado Modelagem matemática-computacional da conectividade cerebral em ressonância magnética funcional para o estudo do estado de repouso Gilson Vieira Luíz Antonio Baccala 08/07/2011
2011Mestrado Desenvolvimento de um algoritmo para identificação e caracterização de cavidades em regiões específicas de estruturas tridimensionais de proteínas Saulo Henrique Pires de Oliveira Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 25/05/2011
2011Mestrado Uso de estratégias baseadas em conhecimento para algoritmos genéticos aplicados à predição de estruturas tridimensionais de proteínas Lariza Laura de Oliveira Renato Tinós 20/05/2011
2011Mestrado Canalização: fenótipos robustos como consequência de características da rede de regulação gênica Vitor Hugo Louzada Patricio Ronaldo Fumio Hashimoto 20/04/2011
2011Doutorado Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações Fabricio Martins Lopes Roberto Marcondes Cesar Junior 21/02/2011
2010Doutorado Direto Seleção natural no vírus da hepatite C: influência do sistema imune na resposta ao tratamento Artur Trancoso Lopo de Queiroz Sergio Russo Matioli 03/11/2010
2010Mestrado Medidas de dependência entre séries temporais: estudo comparativo, análise estatística e aplicações em neurociências Carlos Stein Naves de Brito Koichi Sameshima 29/07/2010
2010Doutorado Direto Aplicação de métodos estatísticos e computacionais para o estudo da cis-regulação da expressão gênica Marcio Augusto Afonso de Almeida Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 16/04/2010
2010Doutorado Direto Identificação de transferência gênica horizontal em procariotos, estudo do regulon SOS de Caulobacter crescentus e análise estatística de colocalização de posições genômicas Apuã César de Miranda Paquola Carlos Frederico Martins Menck 11/02/2010
2009Doutorado Direto Abordagem algébrica para seleção de clones ótimos em projetos genomas e metagenomas Mauricio Egidio Cantão Eliana Gertrudes Macedo Lemos 01/12/2009
2009Doutorado Direto Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos Ana Carolina Quirino Simões Aline Maria da Silva 12/05/2009
2009Doutorado Direto Técnicas para análise do crescimento e movimento das células neurais Leandro Carrijo Cintra Luciano da Fontoura Costa 06/05/2009
2009Doutorado Direto Medidas de fluxo de informação com aplicação em neurociência Daniel Yasumasa Takahashi Koichi Sameshima 15/01/2009
2008Doutorado Direto Análise da via de regulação gênica por ácido retinóico: uma abordagem por bioinformática e biologia estrutural Tiago José Paschoal Sobreira Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 11/12/2008
2008Doutorado Direto Identificação in-silico de genes humanos submetidos à expressão alélica diferencial Jorge Estefano Santana de Souza Sandro José de Souza 02/12/2008
2008Doutorado Direto Morfometria computacional de frangos de corte submetidos a duas dietas distintas: suplementação mineral quelada versus suplementação mineral tradicional Rafael Carvalho de Oliveira Marcelo Emílio Beletti 25/09/2008
2008Doutorado Direto Métodos estatísticos para a análise de bibliotecas digitais de expressão gênica Leonardo Varuzza Carlos Alberto de Braganca Pereira 03/09/2008
2008Doutorado Sistema colaborativo para armazenamento e análise de dados de HIV Luciano Vieira de Araújo João Eduardo Ferreira 13/05/2008
2008Doutorado Modelos discretos para sistemas de sinalização celular baseados no contato célula-célula Luiz Carlos da Silva Rozante Marco Dimas Gubitoso 25/04/2008
2008Doutorado Representação de sistemas biológicos a partir de sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno Marcelo Ris Junior Barrera 14/04/2008
2008Doutorado Análise computacional da expressão gênica no parasita protostomado Schistosoma mansoni. Thiago Motta Venancio Sergio Verjovski de Almeida 14/02/2008
2007Doutorado Direto Métodos computacionais para a caracterização e análise da relação entre anatomia e expressão gênica em sistemas biológicos. Bruno Augusto Nassif Travençolo Luciano da Fontoura Costa 20/12/2007
2007Doutorado Bioinformática estrutural de proteínas modificadas por eventos de splicing alternativo Elza Helena Andrade Barbosa Durham Sandro José de Souza 10/12/2007
2007Doutorado "Seleção de modelos através de um teste de hipótese genuinamente Bayesiano: misturas de normais multivariadas e hipóteses separadas" Marcelo de Souza Lauretto Julio Michael Stern 03/10/2007
2007Doutorado Direto "Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias" André Fujita Carlos Eduardo Ferreira 10/08/2007
2007Doutorado Modelagem do controle gênico do ciclo celular por redes genéticas probabilísticas Nestor Walter Trepode Junior Barrera 27/06/2007
2007Doutorado "Fatores moleculares da determinação do sexo e casta e evolução de famílias multigênicas na abelha eusocial Apis mellifera" Alexandre dos Santos Cristino Zila Luz Paulino Simoes 30/05/2007
2007Doutorado Implicações funcionais de eventos de splicing alternativo no proteoma humano Fabio Passetti Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 16/05/2007
2007Doutorado Métodos estatísticos para a análise de dados de cDNA microarray em um ambiente computacional integrado Gustavo Henrique Esteves Eduardo Jordao Neves 23/03/2007
2007Doutorado Direto Cadeias estocásticas parcimoniosas com aplicações à classificação e filogenia das seqüências de proteínas Florencia Graciela Leonardi Jefferson Antonio Galves 19/01/2007
2007Doutorado Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria Cesar Armando Beltran Castañon Arthur Gruber 16/01/2007
2006Doutorado Predição de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente RNA da telomerase Ariane Machado Lima Alan Mitchell Durham 20/12/2006
2006Doutorado Um novo modelo para cálculo de probabilidade de paternidade - concepção e implementação Fábio Nakano Carlos Alberto de Braganca Pereira 09/11/2006
2006Doutorado Análise estatística na interpretação de imagens: microarranjos de DNA e ressonância magnética funcional Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio Carlos Alberto de Braganca Pereira 01/09/2006