Progresso no Programa de Mestrado

Nesta página você pôde acompanhar foi o andamento de meu programa de Mestrado.

Disciplinas Cursadas

Durante a primeira etapa do meu programa de Mestrado no IME/USP, conclui os créditos referentes a disciplinas cursando as seguintes matérias (em ordem cronológica):

  1. Biologia Computacional (2o. sem/1999), ministrada pelo prof. Dr. José Soares;
  2. Tópicos em Combinatória (2o. sem/1999), ministrada pelo prof. Dr. Yoshiharu Kohayakawa;
  3. Análise de Algoritmos (1o. sem/2000), ministrada pelo prof. Dr. Paulo Feofiloff;
  4. Otimização Combinatória (2o. sem/2000), ministrada pelo prof. Dr. José Coelho;
  5. Introdução à Complexidade Computacional (2o. sem/2000), ministrada pelo prof. Dr. José Soares;
  6. Introdução a Algoritmos e Arquiteturas Paralelos (1o. sem/2001), ministrada pelo prof. Dr. Siang Song;
  7. Algoritmos de Aproximação (1o. sem/2001), ministrada pela prof. Dra. Yoshiko Wakabayashi.

Todas as disciplinas cursadas foram concluídas com conceito A de aprovação.

Paralelamente aos meus estudos desta primeira etapa, não pude dedicar-me exclusivamente à vida acadêmica por estar trabalhando.

Dissertação de Mestrado

Conjuntamente com o cumprimento dos créditos referentes às disciplinas, estudei aspectos básicos de tópicos em Biologia Computacional relacionados a Alinhamentos de Várias Seqüências.

No final do primeiro semestre de 2001 (junto das minhas últimas disciplinas) e no início do segundo semestre de 2001, escrevi um Projeto para meu Exame de Qualificação de Mestrado, submetido a uma Banca Examinadora. A Banca Examinadora do meu trabalho foi composta pelos professores Dr. José Soares (orientador), Dr. Carlos Ferreira, Dr. José Coelho e Dr. Marco Gubitoso (suplente).

A apresentação do trabalho foi realizada em 18 de outubro de 2001. A propósito, você pode obter aqui uma cópia do projeto. A apresentação do meu projeto para a Banca Examinadora está disponível aqui.

Felizmente, após a aprovação do meu projeto, fui contemplado com uma Bolsa de Estudos do CNPq para a conclusão de meus estudos e para escrever a dissertação de Mestrado.

Participei de reuniões semanais de um grupo de estudo composto por Biólogos e alunos de Ciência da Computação, sob orientação do prof. Dr. José Soares.

Em julho de 2003, concluí a escrita da minha dissertação de Mestrado. O título do trabalho é Alinhamento de Seqüências Biológicas e trata de aspectos computacionais do problema de encontrar alinhamentos de seqüências de DNA e de proteínas.

O texto está escrito em uma linguagem simples e apresenta um tratamento em língua portuguesa de assuntos que até então estavam disponíveis apenas em outras línguas (por exemplo, demonstrações de NP-dificuldade do problema de alinhamento, algoritmos de aproximação para o problema e maneira de construção de alinhamentos por meio de Modelos de Markov de Estados Ocultos).

Além disso, vários são os detalhes no texto que estão omitidos nos artigos originais que discutiram os assuntos expostos na dissertação.

A Defesa e a Banca Examinadora

A defesa de meu Mestrado ocorreu no dia 21 de agosto de 2003 e os integrantes da Banca Examinadora foram:

Documentos Produzidos durante o Programa

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Mais recente modificação em: 2004-04-20.