Alair Pereira do Lago
IME-USP
Sexta-feira, 25 de maio de 2007, 14:00
Anfiteatro do NUMEC
Resumo:
Alinhamentos entre seqüências são umas das ferramentas mais fundamentais no processo de estudo da biologia molecular que se apoia sobre conhecimento das seqüências biológicas. Os modelos e programas utilizados somente levam em consideração eventos biológicos pontuais como inserção, remoção e substituição de nucleotídeos nas seqüências de DNA. Eventos também importantes como inversões e duplicações costumam ser ignorados face às dificuldades encontradas. Nesta palestra apresentamos modelos mais gerais que os atualmente utilizados e que levem em consideração a presença de duplicações. Apresentamos também algoritmos cúbicos para os problemas de alinhamento baseados nestes modelos, melhorando resultados publicados por Benson em 1997.