O Departamento de Estatística, criado junto com o IME em 1970, reúne pesquisadores das áreas de Probabilidade e Estatística, e é responsável por disciplinas e cursos em níveis de graduação, aperfeiçoamento e pós graduação. Oferece o Bacharelado em Estatística, em nível de graduação, o Aperfeiçoamento em Tópicos de Estatística, em nível de aperfeiçoamento, e o Mestrado em Estatística e o Doutorado em Estatística, em nível de pós graduação.

O Departamento de Estatística também contribui com disciplinas e serviços para outros programas do IME e da USP: disciplinas básicas de Probabilidade e Estatística, oferecidas a toda a USP, e outras, mais avançadas, para cursos específicos, e serviço de assessoria a pesquisadores da USP e outras instituições.