O Departamento de Matemática foi constituido em 1970, quando uma reforma na estrutura da USP uniu os departamentos de matemática existentes em várias unidades.

Algumas unidades, com departamentos de matemática, existiam antes da fundação da universidade. É o caso da Escola Politécnica, cujo departamento de matemática era o mais antigo. Em 1934, criou-se a USP e junto com ela a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras com seu departamento de matemática. Na reforma de 1970, juntaram-se a estes dois departamentos de matemática outros menores, como o da Faculdade de Economia e Administração, formando o Departamento de Matemática do IME.

O MAT é responsável pelos cursos de Bacharelado em Matemática (diurno) e Licenciatura em Matemática (diurno e noturno), e pelo Centro de Aperfeiçoamento do Ensino da Matemática (CAEM).

Em pós-graduação, o MAT mantém cursos de Especialização, de Mestrado e de Doutorado, sendo seus docentes responsáveis pelas disciplinas e pela orientação de alunos desses cursos. Os cursos de Mestrado e Doutorado em Matemática, dos mais antigos do país, são reconhecidos como centros de excelência pela OEA, tendo recebido conceito 6 na última avaliação feita pela CAPES. Esses cursos são responsáveis pela formação de boa parte do corpo docente do Departamento de Matemática . Muitos dos ex-alunos desses cursos sao hoje professores em posicao de lideranca tanto em universidades federais brasileiras como tambem em algumas instituições de ensino superior de outros países da América Latina.

O Departamento de Matemática conta com 85 professores, sendo 81 doutores (9 titulares, 27 associados e 45 professores doutores) e 4 mestres (2 em doutoramento no Brasil) ( *).

Os assuntos de pesquisa científica em Matemática podem ser divididos em cinco grandes áreas: Álgebra, Análise, Geometria, Lógica e Fundamentos e Epistemologia, Didática e História da Matemática. O MAT tem grupos atuantes em todas elas, mantendo contato com centros avançados de pesquisa em outras universidades do Brasil e do exterior.