Sobre o Curso

A Bioinformática envolve diversas disciplinas das áreas de ciências exatas e biológicas. Nesse curso de verão serão apresentados conceitos introdutórios e também aplicações práticas, os quais são fundamentais para compreensão de diferentes problemas biológicos, como também as soluções computacionais envolvidas.


O curso de verão tem como finalidade contribuir para a introdução dos participantes na área de bioinformática, abordando os principais temas da área. Nosso objetivo, em particular, é proporcionar uma preparação básica aos potenciais candidatos ao programa de mestrado e/ou doutorado em bioinformática, oferecido pelo programa Interunidades da USP.


Público Alvo

Graduados ou concluintes de graduação interessados em cursar Mestrado em Bioinformática.

Mestres ou mestrandos interessados em cursar Doutorado em Bioinformática.


Informações e Inscrições

Inscrições: 01/10/2013 a 01/11/2013.

Divulgação da 1 seleção: 08/11/2013.

Data para depósito: 08/11/2013 a 15/11/2013.


Divulgação da 2 seleção: 21/11/2013.

Data para depósito: 21/11/2013 a 29/11/2013.


Divulgação da 3 seleção: 30/11/2013.

Data para depósito: 30/11/2013 a 07/12/2013.



CLIQUE AQUI PARA VER A LISTA FINAL DE NOMES CONFIRMADOS


Contatos:

Comissão Organizadora:

Email: cvbioinfo2014@gmail.com


Secretaria do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática:

Patrícia Martorelli

Tel: (11) 3091-9980


Vagas oferecidas:

Serão oferecidas 72 vagas, dentre elas:

36 vagas destinadas aos interessados da área de ciências exatas.

36 vagas destinadas aos interessados da área de ciências biológicas.



SOMENTE OS CANDIDATOS SELECIONADOS DEVERÃO CONFIRMAR SUA INSCRIÇÃO POR MEIO DE DEPÓSITO IDENTIFICADO.


Valor do investimento será de R$ 200,00.


Dados Bancários para depósito:

Banco do Brasil

AG: 2665-4

CC: 33404-9

Beneficiário: AB3C

CNPJ: 07.078.103/0001-13

Preencha o identificador 1 com seu CPF. O identificador 2 e 3 deixem em branco.


Envie cópia do recibo por e-mail para cvbioinfo2014@gmail.com e aguarde confirmação pelo e-mail.


Período do curso: 27/01/2014 a 31/01/2014.

Horário: Segunda a sexta-feira, das 8h30 às 12h30 e das 14h00 às 18h00.


Local:

As aulas serão realizadas no Auditório Jacy Monteiro, localizado no térreo do bloco B do IME.

Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (IME-USP)

Rua do Matão, 1010 - Cidade Universitária, Bloco A (veja o item 23 do mapa)

CEP 05508-090 - São Paulo - SP - Brasil



Os certificados serão fornecidos pela AB3C para os participantes que apresentarem pelo menos 70% de presença.

*Em caso de cancelamento da inscrição, não haverá estorno da taxa de inscrição.


Hospedagem

Clique aqui e veja algumas sugestões de hospedagens.


Palestrantes

Dr. André Fujita - IME - USP

Dra. Ariane Machado-Lima - EACH - USP

Dr. Arthur Gruber - ICB - USP

Dr. Eduardo Reis - IQ - USP

Dr. Fabrício Martins Lopes - UTFPR

Dr. João Carlos Setubal - IQ - USP

Dr. Luciano Vieira Araújo - EACH-USP

Dr. Marco Dimas Gubitoso - IME - USP

Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FFCLRP - USP

Dr. Paulo Sergio Lopes de Oliveira - LNBio

Dr. Sergio Russo Matioli - IB - USP

Doutorando Denis Jacob Machado - BIOINFO - USP

Doutorando Luiz Thibério Rangel - BIOINFO - USP


Temas Abordados

Introdução a Ciências Biológicas:

-Dogma central: DNA, RNA, proteína.

-Genoma e organização: procariotos e eucariotos.

-Eletroforese.

-PCR.

-Estrutura primária, secundária e terciária da proteína.

-Metabolismo e bioquímica.

-Splicing alternativo.

-Transcritoma e redes metabólicas.

-Processamento do RNA.


Introdução a Computação:

-Algoritmos, programas e complexidade computacional.

-Banco de dados relacional.


Transcritoma:

-Transcrição - Síntese de RNA.

-O RNA na síntese de proteínas, RNA polimerase, controle de transcrição, processamento pós-transcricional.

-Expressão gênica, estrutura cromossômica, organização genômica, controle de expressão gênica, diferenciação celular e crescimento.

-Fundamentos da regulação da expressão gênica.


RNA não codificante e microRNAs:

- mundo do RNA

- O que são ncRNA?

- Diversos Tipos de ncRNA

- Small ncRNA

- O mundo do microRNA.


Filogenia e Evolução:

-Tipos de representação de topologias

-Critérios de filogenia:Parsimônia, distância e verossimilhança

-Algoritimos de distancia

-Analises de sustentação de topologia.


Alinhamento:

-Sentido biológico

-Identidade, similaridade, homologia

-Genes homólogos, ortólogos, parálogos

-Alinhamento para busca de similaridade:

-sistema de scores/gaps, PAMs, BLOSUMs

-Programas do blast (blastn, blastp, ...)

-Alinhamentos locais, globais, semi-globais, múltiplo

-Aplicações.


Banco de dados aplicado a Bioinformática:

-Introdução a Banco de Dados.

-Aplicações, desafios, limitações e suas variações.

-Recursos disponíveis, vantagens e desvantagens do uso.

-Bancos de dados em Bioinformática.


Anotação automática de sequências biológicas: ontologias e sistemas de pipelines:

-O que é anotação

-Formatos de anotação (feature table e GFF3)

-Ontologias de sequências (SO) e de genes (GO)

-Construção de pipelines de anotação automatizada com o uso do sistema EGene2

-Conceitos teóricos deverão ser apresentados e discutidos com o uso de exemplos reais, de maneira que os estudantes possam assimilá-los de forma intuitiva.


Expressão Gênica:

-Técnicas para medida de expressão gênica.

-Caracterização de genes diferencialmente expressos.

-Apresentação de um problema biológico relacionado com análise de expressão.


Reconhecimento de Padrões Aplicado a Bioinformática:

Atualmente a biologia molecular tem produzido uma enorme quantidade de dados compartilhados em inúmeros bancos de dados públicos distribuídos pela internet. A grande dificuldade atual não é a produção dos dados biológicos, mas sim, o processamento e análise desses dados. A área de reconhecimento de padrões possue diversas ferramentas que podem auxiliar nesta tarefa. Nesta apresentação, pretende-se discutir os principais conceitos da área de reconhecimento de padrões e apresentar exemplos de ferramentas da área aplicadas a problemas da biologia molecular.


Apresentação de trabalhos em desenvolvimento por alunos do programa:

- Mestrando: Henrique Cursino Vieira

Título: Methylation analysis of Infinium HumanMethylation450 beadchip

Orientadora: Profa. Dra. Helena Paula Brentani


- Doutorando: Denis Jacob Machado

Título: Genômica Comparada e a Evolução da Defesa Química em Anfíbios

Orientador: Prof. Dr. Taran Grant


- Doutorando: Ségio Nery Simões

Título: Integrative Approach to find Altered Genes In Complex Diseases

Orientador: Prof. Dr. Ronaldo Fumio Hashimoto



Apresentação de tecnologias em bioinformática: SGI technologies in bioinformatics


Agenda


Slides das apresentações




  27/01 28/01 29/01 30/01 31/01

8:30

Abertura do Curso




Bioinformática Aplicada aos Estudos de Transcritoma


Dr. Eduardo Reis - IQ - USP

Bioinformática Aplicada à Filogenia e Evolução


Dr. Sergio Russo Matioli - IB - USP


Biologia de Sistemas



Dr. André Fujita - IME - USP


Início 9:00 - Apresentação do Programa Bioinfo-USP



9:00

Introdução: Ciências Biológicas


Doutorando Luiz Thibério Rangel - BIOINFO - USP


Apresentação de trabalhos em desenvolvimento por alunos do programa



10:30

Coffee-break

10:45

Introdução: Ciências Exatas



Doutorando Denis Jacob Machado - BIOINFO - USP


Bioinformática no Estudo de RNA não Codificantes e microRNAs


Dra. Ariane Machado-Lima - EACH - USP


Banco de Dados Biológicos




Dr. Luciano Vieira Araújo - EACH-USP

Estatística Aplicada à Bioinformática


Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FFCLRP - USP




Continuação




12:30

Almoço

14:00

Comparação de sequências de DNA e de proteínas



Dr. João Carlos Setubal - IQ - USP



Projetos de Sequenciamento e Anotação Funcional



Dr. Arthur Gruber - ICB - USP

Modelagem de Proteínas




Dr. Paulo Sergio Lopes de Oliveira - LNBio



SGI - Tecnologias em Bioinformática





"Simulação de tecidos biológicos" e "Uma visão mágica da ciência"



Dr. Marco Dimas Gubitoso - IME - USP


15:30

Coffee-break

16:00 - Encerramento

15:45

Continuação

Continuação

Reconhecimento de Padrões Aplicado à Bioinformática



Dr. Fabrício Martins Lopes - UTFPR





Além do sequenciamento: a influência da arquitetura genômica no fenótipo clinico



Dra. Leslie Domenici Kulikowski


18:00

Encerramento das atividades do dia

Organização