Sobre o Curso

A Bioinformática envolve diversas disciplinas das áreas de ciências exatas e biológicas. Nesse curso de verão serão apresentados conceitos introdutórios e também aplicações práticas, os quais são fundamentais para compreensão de diferentes problemas biológicos, como também as soluções computacionais envolvidas.


O curso de verão tem como finalidade contribuir para a introdução dos participantes na área de bioinformática, abordando os principais temas da área. Nosso objetivo, em particular, é proporcionar uma preparação básica aos potenciais candidatos ao programa de mestrado e/ou doutorado em bioinformática, oferecido pelo programa Interunidades da USP.



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Curso de Verão em Bioinformática 2013
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Público Alvo

Graduados ou concluintes de graduação interessados em cursar Mestrado em Bioinformática.

Mestres ou mestrandos interessados em cursar Doutorado em Bioinformática.


Informações e Inscrições

Inscrições: 01/10/2012 a 01/11/2012.

Divulgação da seleção: 05/11/2012.

Data para depósito: 05/11/2012 a 15/11/2012.



Contato:

Patrícia Martorelli

Email: cpgbio@ime.usp.br

Tel/Fax: (11) 3091-9980


Vagas oferecidas:

Serão oferecidas 72 vagas, dentre elas:

36 vagas destinadas aos interessados da área de ciências exatas.

36 vagas destinadas aos interessados da área de ciências biológicas.



SELECIONADOS:
BIOLÓGICAS

Ana da Rocha Kurata
Anderson Fernandes de Brito
Annelise Frazao Nunes
Ariana Aparecida Pianca
Arthur Fernandes Siqueira
Barbara Muller Salomao de Faria
Beatriz Vieira Freire
Bruna Lorencini da Silva
Caio Fabio Baeta Lopes
Camila Soares Malta
Carlos Eduardo Madureira Trufen
Catia Dias do Carmo
Clarissa Romano dos Santos
Clebiano da Costa Sa
Cynthia Martins Villar
Davi Toshio Inada
Emerson de Azevedo Silva Bezerra
Fatima Beatriz P. Annetta
Guilherme Debortoli
Guilherme Loyolla Rodrigues Machado
Jessica Carrijo de Souza
Janaina Rossi Medeiros
Lorena Carnielli
Maicon Ricardo Zieberg Passini
Maisa Pinheiro
Maristela de Souza Lima
Misaki Yamada Sittoni
Paulo Henrique De Franco Alcantara
Paulo Moises Raduan Alexandrino
Priscila Iamashita
Rhewter Nunes
Rodrigo Hashimoto
Roger Stacke Ferreira
Talyta Torres Vianez
Tarcisio Jose Domingos Coutinho
Tatiana Flavia Pinheiro de Oliveira
Vanessa Candiotti Buzatto


EXATAS

Alexandra Antonieta Urrutia Zegarra
Aline Ferreira da Silva
Aline Mayumi Sato
Ana Beatriz Soares Brasil Sampaio Costa
Andre Giuliese
Andrea da Silva Morais
Bianca Minetto Napoleao
Brigida Mirian Nascimento
Bruno Luiz Fuza Lunetta
Cintia Pimentel de Oliveira
Caio Suzart Argolo Lavinsky
Carlos Augusto Paiva Santana Filho
Cristian Bilert
Deborah de Assis Pereira dos Santos
Deisy Morselli Gysi
Diogo Pereira Silva de Novais
Emerson Carlos Sarti Ferrasi
Fernando Vancan
Gustavo de Oliveira Andrade
Gustavo Luiz Vieira
Jana Asako Onodera Paradiso
Jersey Heitor da Silva Maues
Joao Paulo Pimpao
Jose Gomes Lopes Filho
Juliana Raw
Kleber Ricardi Rovai
Laerte Mateus Rodrigues
Michelli Del Barco Lucas
Natalia Nappi Perrella
Rebeca Juliana Pires do Prado
Rodrigo Romano Teixo
Thais Sarraf Sabedot
Vinicius Ferreira Nogueira Camargos
Vithor Gomes Ferreira Bertalan
Willian Augusto Dias dos Reis



SOMENTE OS CANDIDATOS SELECIONADOS DEVERÃO CONFIRMAR SUA INSCRIÇÃO POR MEIO DE DEPÓSITO IDENTIFICADO.


Valor do investimento será de R$ 200,00.


Dados Bancários para depósito:

Banco do Brasil

AG: 2665-4

CC: 33404-9

Beneficiário: AB3C

CNPJ: 07.078.103/0001-13

Preencha o identificador 1 com seu CPF. O identificador 2 e 3 deixem em branco.


Envie cópia do recibo por e-mail para cpgbio@ime.usp.br ou por fax (11) 3091-9980 aos cuidados de Patrícia Martorelli e aguarde confirmação pelo e-mail.


Período do curso: 28/01/2013 a 01/02/2013.

Horário: Segunda a sexta-feira, das 8h30 às 12h30 e das 14h00 às 18h00.


Local:


As aulas serão realizadas no Auditório Antônio Gilioli, localizado no segundo andar do bloco A do IME.

Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (IME-USP)

Rua do Matão, 1010 - Cidade Universitária, Bloco A (veja o item 23 do mapa)

CEP 05508-090 - São Paulo - SP - Brasil



Os certificados serão fornecidos pela AB3C

*Em caso de cancelamento da inscrição, não haverá estorno da taxa de inscrição.


Hospedagem

Clique aqui e veja algumas sugestões de hospedagens.


Palestrantes

Confirmados

Dr. André Fujita - IME - USP

Dr. Alan Mitchell Durham - IME - USP

Dra. Ariane Machado-Lima - EACH - USP

Dr. Arthur Gruber - ICB - USP

Dr. Eduardo Reis - IQ - USP

Dr. João Carlos Setubal - IQ - USP

Dr. Koichi Sameshima - USP

Dr. Luciano Vieira Araújo - EACH-USP

Dr. Marco Dimas Gubitoso - IME - USP

Dr. Renato Tinós - DCM - USP

Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FFCLRP - USP

Dr. Ronaldo Fumio Hashimoto - IME - USP

Dr. Paulo Sergio Lopes de Oliveira - LNBio

Dr. Sergio Russo Matioli - IB - USP

Doutorando Sérgio Nery Simões - BIOINFO - USP

Doutorando Luiz Thibério Rangel - BIOINFO - USP


Temas Abordados

Introdução a Ciências Biológicas:

-Dogma central: DNA, RNA, proteína.

-Genoma e organização: procariotos e eucariotos.

-Eletroforese.

-PCR.

-Estrutura primária, secundária e terciária da proteína.

-Metabolismo e bioquímica.

-Splicing alternativo.

-Transcritoma e redes metabólicas.

-Processamento do RNA.


Introdução a Computação:

-Algoritmos, programas e complexidade computacional.

-Banco de dados relacional.


Transcritoma:

-Transcrição - Síntese de RNA.

-O RNA na síntese de proteínas, RNA polimerase, controle de transcrição, processamento pós-transcricional.

-Expressão gênica, estrutura cromossômica, organização genômica, controle de expressão gênica, diferenciação celular e crescimento.

-Fundamentos da regulação da expressão gênica.


RNA não codificante e microRNAs:

- mundo do RNA

- O que são ncRNA?

- Diversos Tipos de ncRNA

- Small ncRNA

- O mundo do microRNA.


Filogenia e Evolução:

-Tipos de representação de topologias

-Critérios de filogenia:Parsimônia, distância e verossimilhança

-Algoritimos de distancia

-Analises de sustentação de topologia.


Alinhamento:

-Sentido biológico

-Identidade, similaridade, homologia

-Genes homólogos, ortólogos, parálogos

-Alinhamento para busca de similaridade:

-sistema de scores/gaps, PAMs, BLOSUMs

-Programas do blast (blastn, blastp, ...)

-Alinhamentos locais, globais, semi-globais, múltiplo

-Aplicações.


Banco de dados aplicado a Bioinformática:

-Introdução a Banco de Dados.

-Aplicações, desafios, limitações e suas variações.

-Recursos disponíveis, vantagens e desvantagens do uso.

-Bancos de dados em Bioinformática.


Anotação automática de sequências biológicas: ontologias e sistemas de pipelines:

-O que é anotação

-Formatos de anotação (feature table e GFF3)

-Ontologias de sequências (SO) e de genes (GO)

-Construção de pipelines de anotação automatizada com o uso do sistema EGene2

-Conceitos teóricos deverão ser apresentados e discutidos com o uso de exemplos reais, de maneira que os estudantes possam assimilá-los de forma intuitiva.


Expressão Gênica:

-Técnicas para medida de expressão gênica.

-Caracterização de genes diferencialmente expressos.

-Apresentação de um problema biológico relacionado com análise de expressão.


Reconhecimento de Padrões Aplicado a Bioinformática:

Atualmente a biologia molecular tem produzido uma enorme quantidade de dados compartilhados em inúmeros bancos de dados públicos distribuídos pela internet. A grande dificuldade atual não é a produção dos dados biológicos, mas sim, o processamento e análise desses dados. A área de reconhecimento de padrões possue diversas ferramentas que podem auxiliar nesta tarefa. Nesta apresentação, pretende-se discutir os principais conceitos da área de reconhecimento de padrões e apresentar exemplos de ferramentas da área aplicadas a problemas da biologia molecular.


Apresentação de trabalhos em desenvolvimento por alunos do programa e tecnologias em bioinformática



Agenda



  28/01 29/01 30/01 31/01 01/02

8:30

Abertura do Curso



Dr. Alan Mitchell Durham - IME - USP


Bioinformática Aplicada à Filogenia e Evolução


Dr. Sergio Russo Matioli - IB - USP


Anotação Automática de Sequências


Dr. Arthur Gruber - ICB - USP


Biologia de Sistemas



Dr. André Fujita - IME - USP


Apresentação do Programa Bioinfo-USP


Dr. Alan Mitchell Durham - IME - USP


9:00

Introdução: Ciências Biológicas


Doutorando Luiz Thibério Rangel - BIOINFO - USP


Apresentação de trabalhos em desenvolvimento por alunos do programa e tecnologias em bioinformática



10:30

Coffee-break

10:45

Introdução: Ciências Exatas



Doutorando Sérgio Nery Simões - BIOINFO - USP


Bioinformática Aplicada aos Estudos de Transcritoma


Dr. Eduardo Reis - IQ - USP



Continuação






Estatística Aplicada à Bioinformática


Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FFCLRP - USP




Continuação




12:30

Almoço

14:00

Bioinformática Aplicada ao Estudo Genômico - Alinhamentos


Dr. João Carlos Setubal - IQ - USP



Bioinformática no Estudo de RNA não Codificantes e microRNAs


Dra. Ariane Machado-Lima - EACH - USP


Modelagem de Proteínas




Dr. Paulo Sergio Lopes de Oliveira - LNBio



Computação Evolutiva




Dr. Renato Tinós - DCM - USP


Mineração de Dados Biológicos



Dr. Marco Dimas Gubitoso - IME - USP


15:30

Coffee-break

16:00 - Coquetel de encerramento

15:45

Continuação

Banco de Dados Biológicos




Dr. Luciano Vieira Araújo - EACH-USP

Reconhecimento de Padrões Aplicado à Bioinformática



Dr. Ronaldo Fumio Hashimoto - IME - USP





Análise de Séries Temporais em Neurociências



Dr. Koichi Sameshima - USP


18:00

Encerramento das atividades do dia

Organização