Sobre o Curso

A Bioinformática envolve diversas disciplinas das áreas de ciências exatas e biológicas. Nesse curso de verão serão apresentados conceitos introdutórios e também aplicações práticas, os quais são fundamentais para compreensão de diferentes problemas biológicos, como também as soluções computacionais envolvidas.


O curso de verão 2012 tem como finalidade contribuir para a introdução dos participantes na área de bioinformática, abordando os principais temas da área. Nosso objetivo, em particular, é proporcionar uma preparação básica aos potenciais candidatos ao programa de mestrado e/ou doutorado em bioinformática, oferecido pelo programa Interunidades da USP.


Público Alvo

Graduados ou concluintes de graduação interessados em cursar Mestrado em Bioinformática.

Mestres ou mestrandos interessados em cursar Doutorado em Bioinformática.


Informações e Inscrições

Inscrições: 20/09/2011 a 24/10/2011.


Divulgação da seleção (1 chamada): 27/10/2011.

Data para depósito: 27/10/2011 a 17/11/2011.

Selecionados 1 chamada


Divulgação da seleção (2 chamada): 18/11/2011.

Data para depósito: 18/11/2011 a 24/11/2011.

Selecionados 2 chamada


Divulgação da seleção (3 chamada): 29/11/2011.

Data para depósito: 29/11/2011 a 02/12/2011.

Selecionados 3 chamada



Contato:

Patrícia Martorelli

Email: cpgbio@ime.usp.br

Tel/Fax: (11) 3091-9980


Vagas oferecidas:

Serão oferecidas 72 vagas, dentre elas:

36 vagas destinadas aos interessados da área de ciências exatas.

36 vagas destinadas aos interessados da área de ciências biológicas.



SOMENTE APÓS DIVULGARMOS A RELAÇÃO DOS CANDIDATOS SELECIONADOS, ESTES DEVERÃ0 CONFIRMAR SUA INSCRIÇÃO POR MEIO DE DEPÓSITO IDENTIFICADO.


Valor do investimento será de R$ 150,00.


Dados Bancários para depósito:

Banco do Brasil

AG: 2665-4

CC: 33404-9

Beneficiário: AB3C

CNPJ: 07.078.103/0001-13

Preencha o identificador 1 com seu CPF. O identificador 2 e 3 deixem em branco.


Envie cópia do recibo por e-mail para cpgbio@ime.usp.br ou por fax (11) 3091-9980 aos cuidados de Patrícia Martorelli e aguarde confirmação pelo email.


Período do curso: 16/01/2012 a 20/01/2012.

Horário: Segunda a sexta-feira, das 8h30 às 12h30 e das 14h00 às 18h00.


Local:


As aulas serão realizadas no Auditório Jacy Monteiro, localizado no térreo do bloco B do IME.

Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (IME-USP)

Rua do Matão, 1010 - Cidade Universitária, Bloco B (veja o item 23 do mapa)

CEP 05508-090 - São Paulo - SP - Brasil



*Em caso de cancelamento da inscrição, não haverá estorno da taxa de inscrição.


Hospedagem

Clique aqui e veja algumas sugestões de hospedagens.


Palestrantes

Dr. Arthur Gruber - ICB - USP

Dr. Carlos Pereira - IME - USP

Dr. Fabrício Martins Lopes - UTFPR

Dr. Leonardo Varuzza - Life Technologies

Dr. Marcio Katsumi Oikawa - UFSCar

Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FFCLRP - USP

Dr. Francis Morais Franco Nunes - FMRP-USP

Dr. Thiago M. Venancio - UENF

Dra. Ana Carolina Quirino Simões - UFABC

Dra. Ariane Machado-Lima - EACH - USP

Dra. Fernanda Molognoni - Farmacologia - UNIFESP

Dra. Helena Brentani - Instituto de Psiquiatria - USP

Dra. Luciana Vasques - Bioquímica - UNIFESP

Alexandre Rossi Paschoal - UTFPR/Doutorando em Bioinformática - USP

Atila Iamarino - Doutorando em Ciências Biológicas - USP

Felipe ten Caten - Doutorando em Bioinformática - USP


Temas Abordados

Introdução a Ciências Biológicas:

-Dogma central: DNA, RNA, proteína.

-Genoma e organização: procariotos e eucariotos.

-Eletroforese.

-PCR.

-Estrutura primária, secundária e terciária da proteína.

-Metabolismo e bioquímica.

-Splicing alternativo.

-Transcriptoma e redes metabólicas.

-Processamento do RNA.


Introdução a Computação:

-Algoritmos, programas e complexidade computacional.

-Banco de dados relacional.


Bioestatística:

-Eventos e probabilidade, probabilidade condicional e independência.

-Regra de Bayes, variáveis aleatórias discretas e contínuas, soma de variáveis aleatórias, média e variância.

-Análise exploratória de dados, testes populacionais, modelos de regressão.

-Aplicações em Bioinformática.


Transcriptoma:

-Transcrição - Síntese de RNA.

-O RNA na síntese de proteínas, RNA polimerase, controle de transcrição, processamento pós-transcricional.

-Expressão gênica, estrutura cromossômica, organização genômica, controle de expressão gênica, diferenciação celular e crescimento.

-Fundamentos da regulação da expressão gênica.


RNA não codificante e microRNAs:

- mundo do RNA

- O que são ncRNA?

- Diversos Tipos de ncRNA

- Small ncRNA

- O mundo do microRNA.


Filogenia e Evolução:

-Tipos de representação de topologias

-Critérios de filogenia:Parsimônia, distância e verossimilhança

-Algoritimos de distancia

-Analises de sustentação de topologia.


Alinhamento:

-Sentido biológico

-Identidade, similaridade, homologia

-Genes homólogos, ortólogos, parálogos

-Alinhamento para busca de similaridade:

-sistema de scores/gaps, PAMs, BLOSUMs

-Programas do blast (blastn, blastp, ...)

-Alinhamentos locais, globais, semi-globais, múltiplo

-Aplicações.


Banco de dados aplicado a Bioinformática:

-Introdução a Banco de Dados.

-Aplicações, desafios, limitações e suas variações.

-Recursos disponíveis, vantagens e desvantagens do uso.

-Bancos de dados em Bioinformática.


Anotação automática de sequências biológicas: ontologias e sistemas de pipelines:

-O que é anotação

-Formatos de anotação (feature table e GFF3)

-Ontologias de sequências (SO) e de genes (GO)

-Construção de pipelines de anotação automatizada com o uso do sistema EGene2

-Conceitos teóricos deverão ser apresentados e discutidos com o uso de exemplos reais, de maneira que os estudantes possam assimilá-los de forma intuitiva.


Expressão Gênica:

-Técnicas para medida de expressão gênica.

-Caracterização de genes diferencialmente expressos.

-Apresentação de um problema biológico relacionado com análise de expressão.


Reconhecimento de Padrões Aplicado a Bioinformática:

Atualmente a biologia molecular tem produzido uma enorme quantidade de dados compartilhados em inúmeros bancos de dados públicos distribuídos pela internet. A grande dificuldade atual não é a produção dos dados biológicos, mas sim, o processamento e análise desses dados. A área de reconhecimento de padrões possue diversas ferramentas que podem auxiliar nesta tarefa. Nesta apresentação, pretende-se discutir os principais conceitos da área de reconhecimento de padrões e apresentar exemplos de ferramentas da área aplicadas a problemas da biologia molecular.


Apresentação de trabalhos desenvolvidos/em desenvolvimento (Aplicações) e tecnologias em bioinformática:


Palestra 1: Biologia sistêmica evolutiva.

Dr. Thiago M. Venancio - UENF


Palestra 2: O que é o e-value afinal?

Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FFCLRP - USP


Palestra 3: Tecnologias de nova geração para sequenciamento de DNA.

Dr. Leonardo Varuzza - Life Technologies


Palestra 4: RNA-seq: segmentação e modelagem do sinal

Felipe ten Caten - Doutorando em Bioinformática - USP

Resumo:
Novas tecnologias de sequencimento em larga escala estão revolucionando as pesquisas no campo da transcritômica, fornecendo dados para uma compreensão mais abrangente da biologia dos organismos ao ní­vel molecular. A possibilidade de sequenciar os transcritos totais de um ser vivo (RNA-seq) demonstrou um novo panorama de expressão gênica, muito mais dinâmico e com manifestações de regiões intergênicas e diferentes estruturas dentro regiões transcritas. Contudo, como a técnica de RNA-seq é extremamente recente, ela impõem muitos desafios sobretudo na análise e compreensão dos resultados obtidos. Um destes desafios é o tratamento do sinal gerado através de RNA-seq, com o objetivo de minimizar os efeitos dos ruídos inerentes técnica e buscar por informações adicionais que vão além do mero nível de expressão. Assim, poderemos delimitar corretamente, e mais facilmente, as porções correspondentes aos transcritos, e definir estruturas que podem apresentar papeis biológicos importantes, como novos RNA não-codificantes e regiões regulatórias presentes no RNAs. O desenvolvimento de um modelo para descrever os sinais delimitados de interesse, também deve auxiliar no mapeamento de novos elementos, contribuindo na compreensão de suas funções na dinâmica e regulação da expressão gênica.

Agenda



  16/01 17/01 18/01 19/01 20/01

8:30

Apresentação do programa e Abertura do Curso

Filogenia e evolução

Atila Iamarino - Doutorando em Ciências Biológicas - USP


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Alinhamentos

Dra. Ariane Machado-Lima - EACH-USP


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Análise de expressão gênica

Dra. Helena Brentani - Instituto de Psiquiatria - USP


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Apresentação do programa Bioinfo-USP


9:00

Introdução: Ciências Biológicas

Dra. Ana Carolina Quirino Simões - UFABC



Introdução: Ciências Exatas

Alexandre Paschoal - Doutorando em Bioinformática - USP


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Palestra 1: Biologia sistêmica evolutiva

Dr. Thiago M. Venancio - UENF


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10:30

Coffee-break

10:45






Continuação











Continuação






Transcriptoma

Dr. Francis Morais Franco Nunes - FMRP-USP


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Continuação






Reconhecimento de padrões aplicado à bioinformática

Dr. Fabrício Lopes - UTFPR


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Palestra 2: The role of bioinformatics in systems biology

Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FFCLRP - USP


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12:30

Almoço

14:00

Estatística aplicada a bioinformática

Dr. Carlos Pereira - IME-USP


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RNA não codificante e microRNAs

Dra. Luciana Vasques - Bioquímica - UNIFESP


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Anotação automática de sequências biológicas: ontologias e sistemas de pipelines

Dr. Arthur Gruber - ICB - USP


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Biologia de sistemas

Dr. André Fujita - IME - USP


Palestra 3: Tecnologias de nova geração para sequenciamento de DNA.

Dr. Leonardo Varuzza - Life Technologies



Palestra 4: RNA-seq: segmentação e modelagem do sinal

Felipe ten Caten - Doutorando em Bioinformática - USP


Slides


15:30

Coffee-break

Coquetel de encerramento

15:45






Continuação






Banco de dados biológicos

Dr. Marcio Katsumi Oikawa - UFSCar


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Continuação






Epigenética

Dra. Fernanda Molognoni - Farmacologia-UNIFESP


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18:00

Encerramento das atividades do dia

As aulas serão realizadas no Auditório Jacy Monteiro, localizado no térreo do bloco B do IME.

Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (IME-USP)

Rua do Matão, 1010 - Cidade Universitária, Bloco B (veja o item 23 do mapa)

CEP 05508-090 - São Paulo - SP - Brasil



Organização


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