Curso de Verão 2012 - Bioinformática

A Bioinformática envolve diversas disciplinas das áreas de ciências exatas e biológicas. Nesse curso de verão serão apresentados conceitos introdutórios e também aplicações práticas, os quais são fundamentais para compreensão de diferentes problemas biológicos, como também as soluções computacionais envolvidas.

O curso de verão 2012 tem como finalidade contribuir para a introdução dos participantes na área de bioinformática, abordando os principais temas da área. Nosso objetivo, em particular, é proporcionar uma preparação básica aos potenciais candidatos ao programa de mestrado e/ou doutorado em bioinformática, oferecido pelo programa Interunidades da USP.

Graduados ou concluintes de graduação interessados em cursar Mestrado em Bioinformática.

Mestres ou mestrandos interessados em cursar Doutorado em Bioinformática.

Inscrições: 20/09/2011 a 24/10/2011.

Divulgação da seleção (1 chamada): 27/10/2011.

Data para depósito: 27/10/2011 a 17/11/2011.

Selecionados 1 chamada

Divulgação da seleção (2 chamada): 18/11/2011.

Data para depósito: 18/11/2011 a 24/11/2011.

Selecionados 2 chamada

Divulgação da seleção (3 chamada): 29/11/2011.

Data para depósito: 29/11/2011 a 02/12/2011.

Selecionados 3 chamada

Contato:

Patrícia Martorelli

Email: cpgbio@ime.usp.br

Tel/Fax: (11) 3091-9980

Vagas oferecidas:

Serão oferecidas 72 vagas, dentre elas:

36 vagas destinadas aos interessados da área de ciências exatas.

36 vagas destinadas aos interessados da área de ciências biológicas.

SOMENTE APÓS DIVULGARMOS A RELAÇÃO DOS CANDIDATOS SELECIONADOS, ESTES DEVERÃ0 CONFIRMAR SUA INSCRIÇÃO POR MEIO DE DEPÓSITO IDENTIFICADO.

Valor do investimento será de R$ 150,00.

Dados Bancários para depósito:

Banco do Brasil

AG: 2665-4

CC: 33404-9

Beneficiário: AB3C

CNPJ: 07.078.103/0001-13

Preencha o identificador 1 com seu CPF. O identificador 2 e 3 deixem em branco.

Envie cópia do recibo por e-mail para cpgbio@ime.usp.br ou por fax (11) 3091-9980 aos cuidados de Patrícia Martorelli e aguarde confirmação pelo email.

Período do curso: 16/01/2012 a 20/01/2012.

Horário: Segunda a sexta-feira, das 8h30 às 12h30 e das 14h00 às 18h00.

Local:

As aulas serão realizadas no Auditório Jacy Monteiro, localizado no térreo do bloco B do IME.

Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (IME-USP)

Rua do Matão, 1010 - Cidade Universitária, Bloco B (veja o item 23 do mapa)

CEP 05508-090 - São Paulo - SP - Brasil

*Em caso de cancelamento da inscrição, não haverá estorno da taxa de inscrição.

Clique aqui e veja algumas sugestões de hospedagens.

Dr. Arthur Gruber - ICB - USP

Dr. Carlos Pereira - IME - USP

Dr. Fabrício Martins Lopes - UTFPR

Dr. Leonardo Varuzza - Life Technologies

Dr. Marcio Katsumi Oikawa - UFSCar

Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FFCLRP - USP

Dr. Francis Morais Franco Nunes - FMRP-USP

Dr. Thiago M. Venancio - UENF

Dra. Ana Carolina Quirino Simões - UFABC

Dra. Ariane Machado-Lima - EACH - USP

Dra. Fernanda Molognoni - Farmacologia - UNIFESP

Dra. Helena Brentani - Instituto de Psiquiatria - USP

Dra. Luciana Vasques - Bioquímica - UNIFESP

Alexandre Rossi Paschoal - UTFPR/Doutorando em Bioinformática - USP

Atila Iamarino - Doutorando em Ciências Biológicas - USP

Felipe ten Caten - Doutorando em Bioinformática - USP

Introdução a Ciências Biológicas:

-Dogma central: DNA, RNA, proteína.

-Genoma e organização: procariotos e eucariotos.

-Eletroforese.

-PCR.

-Estrutura primária, secundária e terciária da proteína.

-Metabolismo e bioquímica.

-Splicing alternativo.

-Transcriptoma e redes metabólicas.

-Processamento do RNA.

Introdução a Computação:

-Algoritmos, programas e complexidade computacional.

-Banco de dados relacional.

Bioestatística:

-Eventos e probabilidade, probabilidade condicional e independência.

-Regra de Bayes, variáveis aleatórias discretas e contínuas, soma de variáveis aleatórias, média e variância.

-Análise exploratória de dados, testes populacionais, modelos de regressão.

-Aplicações em Bioinformática.

Transcriptoma:

-Transcrição - Síntese de RNA.

-O RNA na síntese de proteínas, RNA polimerase, controle de transcrição, processamento pós-transcricional.

-Expressão gênica, estrutura cromossômica, organização genômica, controle de expressão gênica, diferenciação celular e crescimento.

-Fundamentos da regulação da expressão gênica.

RNA não codificante e microRNAs:

- mundo do RNA

- O que são ncRNA?

- Diversos Tipos de ncRNA

- Small ncRNA

- O mundo do microRNA.

Filogenia e Evolução:

-Tipos de representação de topologias

-Critérios de filogenia:Parsimônia, distância e verossimilhança

-Algoritimos de distancia

-Analises de sustentação de topologia.

Alinhamento:

-Sentido biológico

-Identidade, similaridade, homologia

-Genes homólogos, ortólogos, parálogos

-Alinhamento para busca de similaridade:

-sistema de scores/gaps, PAMs, BLOSUMs

-Programas do blast (blastn, blastp, ...)

-Alinhamentos locais, globais, semi-globais, múltiplo

-Aplicações.

Banco de dados aplicado a Bioinformática:

-Introdução a Banco de Dados.

-Aplicações, desafios, limitações e suas variações.

-Recursos disponíveis, vantagens e desvantagens do uso.

-Bancos de dados em Bioinformática.

Anotação automática de sequências biológicas: ontologias e sistemas de pipelines:

-O que é anotação

-Formatos de anotação (feature table e GFF3)

-Ontologias de sequências (SO) e de genes (GO)

-Construção de pipelines de anotação automatizada com o uso do sistema EGene2

-Conceitos teóricos deverão ser apresentados e discutidos com o uso de exemplos reais, de maneira que os estudantes possam assimilá-los de forma intuitiva.

Expressão Gênica:

-Técnicas para medida de expressão gênica.

-Caracterização de genes diferencialmente expressos.

-Apresentação de um problema biológico relacionado com análise de expressão.

Reconhecimento de Padrões Aplicado a Bioinformática:

Atualmente a biologia molecular tem produzido uma enorme quantidade de dados compartilhados em inúmeros bancos de dados públicos distribuídos pela internet. A grande dificuldade atual não é a produção dos dados biológicos, mas sim, o processamento e análise desses dados. A área de reconhecimento de padrões possue diversas ferramentas que podem auxiliar nesta tarefa. Nesta apresentação, pretende-se discutir os principais conceitos da área de reconhecimento de padrões e apresentar exemplos de ferramentas da área aplicadas a problemas da biologia molecular.

Apresentação de trabalhos desenvolvidos/em desenvolvimento (Aplicações) e tecnologias em bioinformática:

Palestra 1: Biologia sistêmica evolutiva.

Dr. Thiago M. Venancio - UENF

Palestra 2: O que é o e-value afinal?

Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FFCLRP - USP

Palestra 3: Tecnologias de nova geração para sequenciamento de DNA.

Dr. Leonardo Varuzza - Life Technologies

Palestra 4: RNA-seq: segmentação e modelagem do sinal

Felipe ten Caten - Doutorando em Bioinformática - USP

Resumo:
Novas tecnologias de sequencimento em larga escala estão revolucionando as pesquisas no campo da transcritômica, fornecendo dados para uma compreensão mais abrangente da biologia dos organismos ao nível molecular. A possibilidade de sequenciar os transcritos totais de um ser vivo (RNA-seq) demonstrou um novo panorama de expressão gênica, muito mais dinâmico e com manifestações de regiões intergênicas e diferentes estruturas dentro regiões transcritas. Contudo, como a técnica de RNA-seq é extremamente recente, ela impõem muitos desafios sobretudo na análise e compreensão dos resultados obtidos. Um destes desafios é o tratamento do sinal gerado através de RNA-seq, com o objetivo de minimizar os efeitos dos ruídos inerentes técnica e buscar por informações adicionais que vão além do mero nível de expressão. Assim, poderemos delimitar corretamente, e mais facilmente, as porções correspondentes aos transcritos, e definir estruturas que podem apresentar papeis biológicos importantes, como novos RNA não-codificantes e regiões regulatórias presentes no RNAs. O desenvolvimento de um modelo para descrever os sinais delimitados de interesse, também deve auxiliar no mapeamento de novos elementos, contribuindo na compreensão de suas funções na dinâmica e regulação da expressão gênica.

	16/01		17/01	18/01	19/01	20/01
8:30	Apresentação do programa e Abertura do Curso		Filogenia e evolução Atila Iamarino - Doutorando em Ciências Biológicas - USP Slides	Alinhamentos Dra. Ariane Machado-Lima - EACH-USP Slides	Análise de expressão gênica Dra. Helena Brentani - Instituto de Psiquiatria - USP Slides	Apresentação do programa Bioinfo-USP
9:00	Introdução: Ciências Biológicas Dra. Ana Carolina Quirino Simões - UFABC	Introdução: Ciências Exatas Alexandre Paschoal - Doutorando em Bioinformática - USP Slides1 Slides2 Slides3				Palestra 1: Biologia sistêmica evolutiva Dr. Thiago M. Venancio - UENF Slides
10:30	Coffee-break
10:45	Continuação	Continuação	Transcriptoma Dr. Francis Morais Franco Nunes - FMRP-USP Slides	Continuação	Reconhecimento de padrões aplicado à bioinformática Dr. Fabrício Lopes - UTFPR Slides	Palestra 2: The role of bioinformatics in systems biology Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FFCLRP - USP Slides
12:30	Almoço
14:00	Estatística aplicada a bioinformática Dr. Carlos Pereira - IME-USP Slides1 Slides2		RNA não codificante e microRNAs Dra. Luciana Vasques - Bioquímica - UNIFESP Slides	Anotação automática de sequências biológicas: ontologias e sistemas de pipelines Dr. Arthur Gruber - ICB - USP Slides1 Slides2 Slides3	Biologia de sistemas Dr. André Fujita - IME - USP	Palestra 3: Tecnologias de nova geração para sequenciamento de DNA. Dr. Leonardo Varuzza - Life Technologies Palestra 4: RNA-seq: segmentação e modelagem do sinal Felipe ten Caten - Doutorando em Bioinformática - USP Slides
15:30	Coffee-break					Coquetel de encerramento
15:45	Continuação		Banco de dados biológicos Dr. Marcio Katsumi Oikawa - UFSCar Slides	Continuação	Epigenética Dra. Fernanda Molognoni - Farmacologia-UNIFESP Slides
18:00	Encerramento das atividades do dia