Sobre o Curso de Bioinformática

A Bioinformática envolve várias disciplinas da área exatas e biológicas. No curso de verão serão apresentados conceitos e aplicações práticas, os quais são fundamentais para compreensão dos problemas biológicos e soluções computacionais envolvidas.
O curso contribui para a iniciação dos participantes na bioinformática em geral, e em particular como preparação inicial de potenciais candidatos ao programa de mestrado e/ou doutorado em bioinformática, oferecido pela USP.

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Curso de Verão em Bioinformática 2009
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Informações e Inscrições

Patrícia Martorelli

Email: cpgbio@ime.usp.br

Tel/Fax: (11) 3091-9980


Inscrições: 05/12/2008 a 05/01/2009.


30 vagas para área de exatas

30 vagas para área de biológicas


Preencha o formulário de inscrição (PDF ou ODT ou DOC) e envie por e-mail para cpgbio@ime.usp.br ou por fax para (11) 3091-9980.


A ficha será conferida e encaminhada para comissão de organização (inscrições por análise de currículo).


Lista Final dos candidatos selecionados para o curso:

Nome    Área                Situação da Inscrição   
Adriana Machado Froes Biológicas Confirmado
Adriana Priscila Trapé Biológicas Confirmado
Alan Carlos da Paz Troti Biológicas Confirmado
Alessandro Tacini Exatas Confirmado
Alexandre Videira Biológicas Confirmado
Amanda Rusiska Piovezani Biológicas Confirmado
André Luiz Barbosa Biológicas Confirmado
André Luiz de Oliveira Biológicas Confirmado
Anselmo Azevedo dos Santos Biológicas Confirmado
Bianca Maria Pedrosa Biológicas Confirmado
Carlos Higa Exatas Confirmado
Carolina Cappi Biológicas Confirmado
Daniel Moreira da Costa Leite Biológicas Confirmado
Daniele Jacinto Exatas Confirmado
Denise Fagundes Lima Biológicas Confirmado
Diogo Guilherme Pereira Exatas Confirmado
Ênio José Bassi Biológicas Confirmado
Fabio Bernardo da Silva Exatas Confirmado
Felipe Klein Ricachenevsky Biológicas Confirmado
Felipe Prata Lima Exatas Confirmado
Fernanda Marques Câmara Sodré Biológicas Confirmado
Franciany Brinkmann Fachinello Biológicas Confirmado
Francisco José de Almeida Fernandes Exatas Confirmado
Gilson Vieira Exatas Confirmado
Guilherme Targino Valente Biológicas Confirmado
Gustavo Scalco Isquierdo Exatas Confirmado
Igor Pena Lemos Biológicas Confirmado
Ivan Ajala Exatas Confirmado
Janaína Paula Marques Tanure Biológicas Confirmado
Jean Elias de Carvalho Exatas Confirmado
João Marcelo Silva Biológicas Confirmado
Jose Leandro Dias Mendes Exatas Confirmado
Keize Nagamati Junior Biológicas Confirmado
Levi Guilherme Gonçalves da Silveira    Biológicas Confirmado
Liliane Santana Oliveira Exatas Confirmado
Luciana Tovo Rodrigues Biológicas Confirmado
Luciano Werle Lunardi Biológicas Confirmado
Luiza Maria Novais Coutinho Exatas Confirmado
Mainá Bitar Lourenço Biológicas Confirmado
Marcos Fernando Basso Biológicas Confirmado
Maria do Perpetuo Socorro Correa Amador    Biológicas Confirmado
Maria José de Jesus Silva Biológicas Confirmado
Melline Fontes Noronha Exatas Confirmado
Michele Alves Exatas Confirmado
Miriam Celi de Souza Nunes Biológicas Confirmado
Raquel Mattos Bernardo Biológicas Confirmado
Renata de Paris Exatas Confirmado
Renata Silva Salgado Biológicas Confirmado
Renato Diniz Costa Biológicas Confirmado
Ricardo Calimanis Exatas Confirmado
Ricardo Roberto da Silva Exatas Confirmado
Roberto Willians Noda Biológicas Confirmado
Saulo Henrique Pires de Oliveira Exatas Confirmado
Sérgio Nery Simões Exatas Confirmado
Sibele Souza Biológicas Confirmado
Simoni Avancini Biológicas Confirmado
Taccyanna Mikulski Ali Biológicas Confirmado
Tatiana Milani Cordeiro Biológicas Confirmado
Ugo da Silva Exatas Confirmado
Valeria de Carvalho Santos Exatas Confirmado
Vanessa Riesz Salgado Biológicas Confirmado
Veruska Ayora Exatas Confirmado
Vitor Hugo Louzada Patricio Exatas Confirmado
Wagner Paschoal de Andrade Antonio Biológicas Confirmado
William Farias Porto Biológicas Confirmado


Os candidatos selecionados deverão confirmar sua inscrição por meio de depósito identificado.


Valor do investimento R$ 150,00


Dados Bancários para depósito:

Banco do Brasil

AG: 3559-9

CC: 33404-9

Beneficiário: AB3C

CNPJ: 07.078.103/0001-13

Preencha o identificador 1 com seu CPF. O identificador 2 e 3 deixem em branco.


Envie cópia do recibo por e-mail: cpgbio@ime.usp.br, aos cuidados de Patrícia Martorelli.


O Prazo máximo para depósito e envio do comprovante é 16/01/2009. Após essa data os candidatos que não confirmarem sua inscrição serão considerados desistentes e será chamado os que estiverem na lista de espera, respeitando a ordem de classificação.


Realização do curso: 02/02/2009 a 06/02/2009.

Horário: Segunda a Sexta-feira 8h30 - 17h30


Local do Evento

Instituto de Matemática e Estatistica da Universidade de São Paulo (IME-USP)

Rua Matão, 1010 - Cidade Universitária

CEP 05508-090 - São Paulo - SP - Brasil


Os certificados serão fornecidos pela AB3C.

Público Alvo

Graduados ou concluintes de graduação interessados em cursar Mestrado em Bioinformática.

Mestres ou mestrandos interessados em cursar Doutorado em Bioinformática.


Temas Abordados

Introdução biológicas:

-Dogma central: DNA, RNA, proteína

-Genoma e organização: procariotos e eucariotos

-Eletroforese

-PCR

-Estrutura primária, secundária e terciária da proteína

-Metabolismo e bioquímica

-Splicing/alternativo

-Transcriptoma a redes metabólicas

-Processamento do RNA.


Introdução a Computação:

-Algoritmos, programas e complexidade computacional

-Banco de dados relacional.


Reconhecimento de Padrões:

-Princípios de reconhecimento de padrões aplicados em problemas de bioinformática.


Estatística Aplicada:

-Revisão de conceitos e aplicações em problemas de bioinformática.


Análise de expressão:

-Técnicas (EST, SAGE e Microarray)

-Caracterização de genes diferencialmente expressos

-Apresentação de um problema biológico relacionado com análise de expressão.


Alinhamento:

-Sentido biológico

-Identidade, similaridade, homologia

-Genes homólogos, ortólogos, parálogos

-Alinhamento para busca de similaridade:

-sistema de scores/gaps, PAMs, BLOSUMs

-Programas do blast (blastn, blastp, ...)

-Alinhamentos locais, globais, semi-globais, múltiplo

-Aplicações.


Filogenia e Evolução:

-Tipos de representação de topologias

-Critérios de filogenia:Parsimonia, distancia e verossimilhança

-Algoritimos de distancia

-Analises de sustentação de topologia.


Banco de dados em Bioinformática:

-Introdução a banco de dados

-Aplicações de bancos de dados em problemas de bioinformática.


Anotação automática de seqüências biológicas: ontologias e sistemas de pipelines:

-O que é anotação

-Formatos de anotação (feature table e GFF3)

-Ontologias de seqüências (SO) e de genes (GO)

-Construção de pipelines de anotação automatizada com o uso do sistema EGene2

-Conceitos teóricos deverão ser apresentados e discutidos com o uso de exemplos reais, de maneira que os estudantes possam assimilá-los de forma intuitiva.


Redes de regulação:

-Introdução a Biologia de sistemas e redes complexas

-Técnicas experimentais para caracterização das redes

-Principais métodos de representação de sítios regulatórios

-Ferramentas de bioinformática para manipulação e busca de motivos regulatórios

-Exemplos de aplicação (evolução de famílias gênicas, determinação de casta em abelhas, diferenciação de células-tronco).


RNA não codificante, microRNA e Aplicação:

- mundo do RNA

- O que são ncRNA?

- Diversos Tipos de ncRNA

- Small ncRNA

- O mundo do microRNA.

- Exemplo de aplicação: Predição de ncRNA em Apis e Nasonia.


Apresentação de trabalhos desenvolvidos/em desenvolvimento:


Palestra: Analise da via de regulação gênica por ácido retinóico: uma abordagem por bioinformática e biologia estrutural.

A associação de várias técnicas como a biologia molecular, bioinformática, filogenia, analises estruturais de biomoléculas, mecânica molecular e métodos termodinâmicos tem se mostrado uma poderosa abordagem para compreensão de sistemas biológicos simplificando e agilizando o desenvolvimento do conhecimento cientifico.

- Dr. Tiago J. P. Sobreira.


Palestra: Genes de predição intrinsecamente multivariada.

Um conjunto de genes prediz o comportamento de um dado gene alvo de forma intinsecamente multivariada caso quaisquer de seus subconjuntos propriamente contidos não sejam adequados para predizer o gene alvo, mas o conjunto completo desses genes realizem uma predição bastante acurada. Um estudo analítico que define predição intrinsecamente multivariada (IMP) em termos do Coeficiente de Determinação não-linear (CoD) mostra que existem quatro fatores responsáveis pela formação de conjuntos IMP: alto poder preditivo, pequena covariância entre preditores, preditores com pequeno bias (distribuição de probabilidades próxima da uniforme) e determinadas lógicas de predição. O conceito de IMP foi aplicado para caracterizar o comportamento do gene DUSP1 em dados de melanoma. Tal gene é conhecido por exercer controle sobre uma via central de integração de processos, provendo assim evidências preliminares de que IMP pode ser usado como um critério para descoberta de genes canalizadores, ou seja, genes que possuem alto poder regulatório sobre uma ampla variedade de processos. Um resultado recente mostra que existe uma correlação significativa entre o tamanho do território de um gene e sua capacidade de produzir um conjunto IMP com seus preditores, o que significa que um gene alvo com território extenso tem mais chance de ser IMP com seus preditores e, portanto, podendo ser um gene mestre que controla diversas vias metabólicas.

- Dr. David C. Martins Jr.


Palestra: Seleção natural em ativadores de "splicing" exônicos ("ESEs") usando dados de polimorfismo do genoma humano.

Por muito acreditou-se que apenas mutações que modificam os aminoácidos (mutações não-sinônimas) ou aquelas que criam codons de parada ("stop codons") prematuros seriam alvos da seleção natural. Entretanto, um número crescente de estudos vem demonstrando que mutações sinônimas localizadas em ativadores de "splicing" exônicos ("ESEs") estão associadas à alterações no processamento ("splicing") do RNA primário e à doenças humanas. Os "ESEs" são pequenas regiões (6-12 pb), interna aos exons, que colaboram na regulação do mecanismo de "splicing". Mutações nessas regiões podem induzir a maquinaria de "splicing" à reconhecer junções exon/intron alternativas durante o processamento do RNA primário. Recentemente, foram apresentadas evidências de que a seleção natural atuou removendo mutações que desativam os ESEs. Usando os dados de polimorfismo de base única ("SNPs") de populações humanas disponívies pelo projeto HapMap nós investigamos evidências de seleção natural nos ESEs. Nossa pesquisa procura basicamente responder as seguintes questões: 1 - Os ESEs apresentram um excesso de SNPs de baixa frequencia quando comparados com regiões não-ESEs presentes nos exons ? 2 - Os ESEs de exons alternativos apresentam um ecesso de SNPs de frequencias intermediárias quando comparados com ESEs de exons constitutivos ?

- Me. Rodrigo Fernandes Ramalho.


Um novo modelo para o cálculo de probabilidade de paternidade.

Nesta palestra são apresentados um novo modelo estatístico para cálculo de probabilidade de paternidade e sua implementação em software. O modelo proposto utiliza o genótipo como informação básica, em contraste com outros modelos que usam alelos. Por esta diferença, o modelo proposto resulta mais abrangente, mas que, sob certas restrições, reproduz os resultados dos modelos que usam alelos. Este modelo foi implementado em um software que recebe descrições da genealogia e dos marcadores em uma linguagem dedicada a isso e constrói uma rede bayesiana para cada marcador. O usuário pode definir livremente a genealogia e os marcadores. O cálculo da probabilidade de paternidade é feito, sobre as redes construídas, por um software para inferência em redes bayesianas e a probabilidade de paternidade combinada considerando todos os marcadores é calculada, resultando em um "índice de paternidade.

- Dr. Fábio Nakano.


Caracterização In Silico e Análise de Expressão de Transcritos Intrônicos em Humano e Camundongo.

Diversos estudos têm revelado que uma porção significativa das mensagens transcritas nos organismos superiores é composta por RNAs não codificadores de proteínas (ncRNA). Nosso grupo vem caracterizando duas novas classes de longos RNAs não codificadores (RNAs TIN, RNAs totalmente intrônicos não codificadores e RNAs PIN, parcialmente intrônicos não codificadores) que têm demonstrado apresentar papéis regulatórios importantes no genoma humano. Embora alguns estudos já tenham sido realizados a fim de elucidar suas funções, ainda há uma enorme escassez de informações ligadas à biologia destes transcritos, sendo necessária uma análise mais extensa e detalhada acerca de como eles são regulados e quais os seus reais papéis na regulação transcricional de regiões gênicas codificadoras ou não codificadoras de proteínas. Desta forma, o presente trabalho tem como objetivo realizar uma extensa caracterização in silico destes transcritos em humanos e camundongos, além de realizar um estudo de expressão gênica em diferentes tecidos de ambas espécies, a partir de bases de dados públicas obtidas via Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS).

- Vinicius R. H. M. Coutinho.


SAMPA: System for comparative Analysis of Metabolic PAthways.

Desenvolvimento de um sistema composto por 5 ferramentas e um banco de dados com o objetivo de comparar vias metabólicas de um conjunto de organismos, utilizando grafos como estrutura de dados, sendo que os dados biológicos de interesse são oriundos do KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes).

- Me. Oberdan de Lima Cunha.


Palestrantes

Dra. Helaine Carrer - ESALQ - USP

Dr. Alan Mitchell Durham - IME - USP

Dr. Arthur Gruber - ICB - USP

Dra. Aline Maria da Silva - IQ - USP

Dr. Sergio Russo Matioli - IB - USP

Dra. Ariane Machado Lima - IME/IPq - USP

Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FMRP - USP

Dr. Alexandre dos Santos Cristino - Bioinformática - USP

Dr. Fábio Nakano - Bioinformática - USP

Dr. Luciano Vieira Araújo - Bioinformática - USP

Dr. Bruno A. N. Travençolo - Bioinformática - USP

Dr. Tiago J. P. Sobreira - Bioinformática - USP

Dra. Beatriz Stransky - Pós-Doutoranda - DCC - IME - USP

Dr. David C. Martins Jr. - Pesquisador - IME - USP

Me. Alexandre Rossi Paschoal - Doutorando em Bioinformática - USP

Me. Fabrício Martins Lopes - UTFPR/Doutorando em Bioinformática - USP

Me. Maximiller Dal-Bianco Lamas Costa - Doutorando em Bioquímica - IQ - USP

Me. Rodrigo Fernandes Ramalho - Doutorando do IB - USP

Me. Oberdan de Lima Cunha - Mestre - LNCC

Márcio A. A. de Almeida - Doutorando em Bioinformática - USP

Vinicius R. H. M. Coutinho - Doutorando em Bioinformática - USP


Agenda

  02/02 03/02 04/02 05/02 06/02

8:30

Apresentação do programa e Abertura do Curso.

Dra. Helaine Carrer - ESALQ - USP

Nivelamento - Biológicas.


Dra. Aline Maria da Silva - IQ - USP

Banco de dados biológicos.


Dr. Luciano Vieira de Araújo - Bioinformática - USP

Expressão gênica - teoria e prática.


Márcio A. A. de Almeida - Doutorando em Bioinformática - USP

Genes de predição intrinsecamente multivariada.


Dr. David C. Martins Jr. - Pesquisador - IME - USP



Identificação de elementos regulatórios da cana-de-açúcar com análise de ChIP-Seq.


Me. Maximiller Dal-Bianco Lamas Costa - Doutorando em Bioquímica - IQ - USP

9:00

Introdução - Biológicas.


Dra. Helaine Carrer - ESALQ - USP


Introdução - Exatas.


Dr. Alan Mitchell Durham - IME - USP

10:30

Coffe-break

10:45

Continuação.

Continuação.

RNA não codificante, microRNA e Aplicação


Me. Alexandre Rossi Paschoal - Doutorando em Bioinformática - USP

Continuação.

Reconhecimento de Padrões Aplicado à Bioinformática.


Me. Fabrício Martins Lopes - UTFPR / Doutorando em Bioinformática - USP

Seleção natural em ativadores de "splicing" exônicos ("ESEs") usando dados de polimorfismo do genoma humano.


Me. Rodrigo Fernandes Ramalho - Doutorando do IB - USP



SAMPA: System for comparative Analysis of Metabolic PAthways.


Me. Oberdan de Lima Cunha - Mestre - LNCC

12:30

Almoço

13:30

Estatística Aplicada a Bioinformática.


Dr. Ricardo Z. N. Vêncio - FMRP - USP

Filogenia e Evolução


Dr. Sergio Russo Matioli - IB - USP

Anotação automática de seqüências biológicas: ontologias e sistemas de pipelines.


Dr. Arthur Gruber - ICB - USP

Redes de regulação.


Dr. Alexandre dos Santos Cristino - Bioinformática - USP

Um novo modelo para o cálculo de probabilidade de paternidade.


Dr. Fábio Nakano - Bioinformática - USP



Análise estrutural das regiões de regulação gênica: uma abordagem computacional através de dinâmica molecular


Dr. Tiago J. P. Sobreira - Bioinformática - USP

15:30

Coffe-break

15:45

Continuação.

Alinhamentos.


Dra. Ariane Machado Lima - IME/IPq - USP

Continuação.

Métodos computacionais para a caracterização e análise da relação entre anatomia e expressão gênica em sistemas biológicos.


Dr. Bruno A. N. Travençolo - Bioinformática - USP



Caracterização In Silico e Análise de Expressão de Transcritos Intrônicos em Humano e Camundongo


Vinicius R. H. M. Coutinho - Doutorando em Bioinformática - USP

Apresentação de um modelo multi-escala para simular a dinâmica de população celular.


Dra. Beatriz Stransky - Pós-Doutoranda - DCC - IME - USP



Palestra de Encerramento.


Dr. Arthur Gruber - ICB - USP

17:30

Encerramento das atividades do dia.

O curso de verão será realizado no Auditório Jacy Monteiro, localizado no térreo do bloco B do IME.


Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (IME-USP)

Rua do Matão, 1010 - Cidade Universitária, Bloco B.

CEP 05508-090 - São Paulo - SP - Brasil



Hospedagem

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Organização