Instituto de Matemática e Estatística | IME-USP
Evento
- Título:
- Doutorado: Genotipagem de poliplóides: um modelo de urnas e bolas
- Quando:
- 30.05.2012 10.00 h
- Onde:
- Sala 254, bloco A - Cidade Universitária - São Paulo
- Categoria:
- MAE - Doutorado
Descrição
Candidato: Silvio Rodrigues de Faria Junior
Orientadora: Júlia Maria Pavan Soler
Resumo: Desde os primórdios da agricultura e pecuária, o homem seleciona indivíduos com características desejáveis para reprodução e aumento da proporção de novos indivíduos com tais qualidades. Com o conhecimento da estrutura de DNA e o advento da engenharia genética, a identificação e caracterização de espécies e indivíduos conta com novas tecnologias para auxiliar no desenvolvimento de novas variedades de plantas e animais para diversos fins. Tais tecnologias envolvem procedimentos bioquímicos e físicos cada vez mais apurados que produzem medidas cada vez mais precisas, um exemplo disso são as técnicas que empregam a espectometria de massa para comparar polimorfismos de base única (SNPs). Nas plantas é comum a ocorrência de poliploidia, que consiste na presença de mais de dois cromossomos num mesmo grupo de homologia. A determinação do nível de ploidia é fundamental para a correta genotipagem e por conseqüência maior eficiência no estudo e aprimoramento genético de plantas. Neste trabalho fazemos uma caracterização do fenômeno da poliploidia com modelos probabilísticos de urnas com bolas, propondo um método eficiente e adequado de simulação, assim como uma técnica simples para inferir níveis de ploidia e classificar amostras com precisão aproveitando características geométricas e reduzindo a dimensão do problema por eliminar variáveis confundidoras. Análises de dados simulados e reais provenientes de um experimento de canade-açúcar foram realizadas com resultados interessantes. Para avaliar o desempenho da proposta modelos clássicos de técnicas de agrupamentos foram utilizados para fins de comparação.
Palavras-chave: poliploidia, genotipagem de SNPs, modelos de urnas e bolas, simulação, agrupamentos.
Orientadora: Júlia Maria Pavan Soler
Resumo: Desde os primórdios da agricultura e pecuária, o homem seleciona indivíduos com características desejáveis para reprodução e aumento da proporção de novos indivíduos com tais qualidades. Com o conhecimento da estrutura de DNA e o advento da engenharia genética, a identificação e caracterização de espécies e indivíduos conta com novas tecnologias para auxiliar no desenvolvimento de novas variedades de plantas e animais para diversos fins. Tais tecnologias envolvem procedimentos bioquímicos e físicos cada vez mais apurados que produzem medidas cada vez mais precisas, um exemplo disso são as técnicas que empregam a espectometria de massa para comparar polimorfismos de base única (SNPs). Nas plantas é comum a ocorrência de poliploidia, que consiste na presença de mais de dois cromossomos num mesmo grupo de homologia. A determinação do nível de ploidia é fundamental para a correta genotipagem e por conseqüência maior eficiência no estudo e aprimoramento genético de plantas. Neste trabalho fazemos uma caracterização do fenômeno da poliploidia com modelos probabilísticos de urnas com bolas, propondo um método eficiente e adequado de simulação, assim como uma técnica simples para inferir níveis de ploidia e classificar amostras com precisão aproveitando características geométricas e reduzindo a dimensão do problema por eliminar variáveis confundidoras. Análises de dados simulados e reais provenientes de um experimento de canade-açúcar foram realizadas com resultados interessantes. Para avaliar o desempenho da proposta modelos clássicos de técnicas de agrupamentos foram utilizados para fins de comparação.
Palavras-chave: poliploidia, genotipagem de SNPs, modelos de urnas e bolas, simulação, agrupamentos.